 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 2171 | 回復(fù): 11 | ||
| 當(dāng)前只顯示滿足指定條件的回帖，點擊這里查看本話題的所有回帖 | ||
[求助]
將糖鏈的PDB生成PSF文件 已有1人參與
|
||
| 我是剛開始接觸用NAMD動力學(xué)分析這塊，現(xiàn)在需要把一個糖鏈生成psf文件，可是生成后放到VMD里看有問題，各個殘基斷開了，就是不是一條鏈了，不是只加氫嗎，為什么也多加了氧把鏈拆開了？就是糖生成psf需要注意什么呢？謝謝高手解答我的疑問 |
回復(fù)此樓» 猜你喜歡
288求調(diào)劑，一志愿華南理工大學(xué)071005
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
一志愿中國海洋大學(xué)，生物學(xué)，301分，求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
294求調(diào)劑材料與化工專碩
已經(jīng)有12人回復(fù)
-
0856調(diào)劑，是學(xué)校就去
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
0817 化學(xué)工程 299分求調(diào)劑 有科研經(jīng)歷 有二區(qū)文章
已經(jīng)有13人回復(fù)
-
梁成偉老師課題組歡迎你的加入
已經(jīng)有11人回復(fù)
-
復(fù)試調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
0703化學(xué)調(diào)劑 ，六級已過，有科研經(jīng)歷
已經(jīng)有11人回復(fù)
-
321求調(diào)劑
已經(jīng)有10人回復(fù)
-
東華理工大學(xué)化材專業(yè)26屆碩士博士申請
已經(jīng)有8人回復(fù)
» 本主題相關(guān)價值貼推薦，對您同樣有幫助:
- amber 里生成pdb文件的命令
已經(jīng)有8人回復(fù)
- 如何用pdb的格式的文件生成psf的格式的文件
已經(jīng)有7人回復(fù)
- 我有sdf和mol2文件，請問在什么網(wǎng)站里可以生成PDB格式文件
已經(jīng)有6人回復(fù)
- gromacs 添加新的力場pdb2gmx報錯
已經(jīng)有5人回復(fù)
- gromacs，用pdb文件生成top文件時遇到的問題
已經(jīng)有4人回復(fù)
- 如何做二肽的pdb和psf文件，望高手賜教，急急。
已經(jīng)有5人回復(fù)
- 【求助】無法生成環(huán)糊精的psf文件
已經(jīng)有4人回復(fù)
- 【求助】如何合并文件 pdb psf
已經(jīng)有4人回復(fù)
- 【求助】求助psf文件的生成
已經(jīng)有4人回復(fù)
- 【求助】如何生成聚乙烯的psf文件
已經(jīng)有11人回復(fù)
- 【求助】psf文件的生成
已經(jīng)有19人回復(fù)
- 【求助】namd和vmd就只能識別.pdb.psf.coor.vel等文件嗎
已經(jīng)有6人回復(fù)
gn02530640
銀蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 8 (幼兒園)
- 金幣: 314.5
- 紅花: 1
- 帖子: 139
- 在線: 86.6小時
- 蟲號: 2796302
- 注冊: 2013-11-12
- 性別: GG
- 專業(yè): 理論和計算化學(xué)
5樓2014-10-27 14:37:36
gn02530640
銀蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 8 (幼兒園)
- 金幣: 314.5
- 紅花: 1
- 帖子: 139
- 在線: 86.6小時
- 蟲號: 2796302
- 注冊: 2013-11-12
- 性別: GG
- 專業(yè): 理論和計算化學(xué)
2樓2014-10-25 10:05:59
|
?????????????л????????top????????л??????г??? BMA---BMAN MAN---AMAN NAG?????????BGLCNA?????top??????кü?????????塣??????????NAG??????6?????????????????????????5???????????????????????????????????????????? ???????????????????????psf??????????pdb??? |
» 本帖附件資源列表
-
歡迎監(jiān)督和反饋：小木蟲僅提供交流平臺，不對該內(nèi)容負責(zé)。
本內(nèi)容由用戶自主發(fā)布，如果其內(nèi)容涉及到知識產(chǎn)權(quán)問題，其責(zé)任在于用戶本人，如對版權(quán)有異議，請聯(lián)系郵箱：xiaomuchong@tal.com - 附件 1 : top_all36_carb.rtf
- 附件 2 : tang.pdb
2014-10-27 08:52:06, 274.31 K
2014-10-27 08:52:23, 8.36 K
3樓2014-10-27 08:56:30
gn02530640
銀蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 8 (幼兒園)
- 金幣: 314.5
- 紅花: 1
- 帖子: 139
- 在線: 86.6小時
- 蟲號: 2796302
- 注冊: 2013-11-12
- 性別: GG
- 專業(yè): 理論和計算化學(xué)
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★
YAYA_Z: 金幣+5, ★★★很有幫助, 感謝幫助 2014-10-27 14:41:10
YAYA_Z: 金幣+5, ★★★很有幫助, 感謝幫助 2014-10-27 14:41:10
|
完成了，請樓主先看一下我做出來的文件是否可行。 壓縮文件中的 tang_mod.pdb 和 top_all36_carb_mod.rtf 是我將原本的 tang.pdb 還有 top_all36_carb.rtf 部分內(nèi)容修改過后的檔案，而 tang_new.pdb 和 tang_new.psf 則是用 psfgen 所生成的檔案。 關(guān)于殘基斷開的問題： 在利用 psfgen 生成 psf 文件時，必須注意到，pdb 的 atom name 和 residue name 必須和 top 文件里的定義完全相同。 舉例來說，必須將 pdb 文件中的 BMA 殘基名稱改成 top 文件所定義的 BMAN， 此外，pdb 文件中 NAG 殘基的 C7 C8 N2 O7 這幾個原子在 top 文件中 BGLCNA 的命名分別是 C CT N O， 因此也有必要將 atom name 作修改。 另外，由于 pdb 的 residue name 最長似乎只能用4個字母代表，因此我將top文件 BGLCNA 殘基的名稱改成 BGL，基本上只要注意別跟其他殘基名稱重復(fù)就行了。 大致上就這樣  |
» 本帖附件資源列表
-
歡迎監(jiān)督和反饋：小木蟲僅提供交流平臺，不對該內(nèi)容負責(zé)。
本內(nèi)容由用戶自主發(fā)布，如果其內(nèi)容涉及到知識產(chǎn)權(quán)問題，其責(zé)任在于用戶本人，如對版權(quán)有異議，請聯(lián)系郵箱：xiaomuchong@tal.com - 附件 1 : tang.rar
2014-10-27 13:39:50, 72.95 K
4樓2014-10-27 14:13:57
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 288求調(diào)劑，一志愿華南理工大學(xué)071005 +5 | ioodiiij 2026-03-17 | 5/250 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考博] 東華理工大學(xué)化材專業(yè)26屆碩士博士申請 +8 | zlingli 2026-03-13 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 267一志愿南京工業(yè)大學(xué)0817化工求調(diào)劑 +10 | SUICHILD 2026-03-12 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 0817調(diào)劑 +3 | 沒有答案_ 2026-03-14 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 本科鄭州大學(xué)物理學(xué)院，一志愿華科070200學(xué)碩，346求調(diào)劑 +4 | 我不是一根蔥 2026-03-18 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 26調(diào)劑/材料/英一數(shù)二/總分289/已過A區(qū)線 +7 | 步川酷紫123 2026-03-13 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 材料與化工一志愿南昌大學(xué)327求調(diào)劑推薦 +8 | Ncdx123456 2026-03-13 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 297求調(diào)劑 +8 | 戲精丹丹丹 2026-03-17 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 一志愿西南交大，求調(diào)劑 +4 | 材化逐夢人 2026-03-18 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 0703化學(xué)336分求調(diào)劑 +6 | zbzihdhd 2026-03-15 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 268求調(diào)劑 +6 | 簡單點0 2026-03-17 | 6/300 |
|
|
|
[碩博家園] 湖北工業(yè)大學(xué) 生命科學(xué)與健康學(xué)院-課題組招收2026級食品/生物方向碩士 +3 | 1喜春8 2026-03-17 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 308求調(diào)劑 +4 | 是Lupa啊 2026-03-16 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 材料與化工專碩調(diào)劑 +5 | heming3743 2026-03-16 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 東南大學(xué)364求調(diào)劑 +5 | JasonYuiui 2026-03-15 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 藥學(xué)383 求調(diào)劑 +3 | 藥學(xué)chy 2026-03-15 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 一志愿211 0703方向310分求調(diào)劑 +3 | 努力奮斗112 2026-03-15 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 070303 總分349求調(diào)劑 +3 | LJY9966 2026-03-15 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 295求調(diào)劑 +3 | 小匕仔汁 2026-03-12 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 308求調(diào)劑 +3 | 是Lupa啊 2026-03-12 | 3/150 |
|