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代三個(gè)表銀蟲 (初入文壇)
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[求助]
急急急！！分子模擬作業(yè)求助！ 已有1人參與
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最近分子模擬期末考試，老師給布置了一道作業(yè)，由于課程學(xué)習(xí)的太快，還有安裝gromacs需要linux系統(tǒng)，臨時(shí)補(bǔ)電腦知識(shí)來不及了。求大神指導(dǎo)作業(yè)。 要求找到一個(gè)2014年最新解析的蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)（我做的蛋白PDB編號(hào)為4NMF） 作業(yè)要求： 1、給出該蛋白的分辨率（詳細(xì)參數(shù)） 2、做MD模擬，給出基本參數(shù) 3、進(jìn)行簡單的分析，如RMSD分析、Rg分析等 詳細(xì)過程保存成.dOC格式 另外，保存模擬過程中的.pdb .gro .itp .mdp .xvg 等文件 求大神長期指導(dǎo)，結(jié)束后拜師學(xué)習(xí)分子模擬。 daowenma1993@163.com |
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代三個(gè)表
銀蟲 (初入文壇)
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2樓2014-11-05 18:10:14
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【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
代三個(gè)表: 金幣+3, ★有幫助 2014-11-05 18:45:42
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
代三個(gè)表: 金幣+3, ★有幫助 2014-11-05 18:45:42
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我簡略說幾句，拜師和長期指導(dǎo)什么的是沒那能力了。 1. “蛋白的分辨率”，這個(gè)在PDB文件和原文獻(xiàn)中都有~~~ 2. “做MD模擬”，把溶菌酶在水中模擬（有中文版，網(wǎng)上搜一下就有）的例子做一遍，改成自己的蛋白再做一遍。 3. 分析，上面的例子中也有~~ 4. 把這個(gè)過程記錄下來即可，邊做邊寫~~ 5. “.pdb .gro .itp .mdp .xvg 等文件”這些文件在做例子的過程中都會(huì)涉及，打開看看就知道了，不懂的地方再在網(wǎng)上或看看manual~~~ 就說這么多吧，希望對你有幫助~~  |
3樓2014-11-05 18:31:49
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