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gn02530640銀蟲 (小有名氣)
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[求助]
如何用 VMD 計(jì)算 rms displacement(均方位移) 和 torsion/dihedral distribution?
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如題，我個(gè)人目前在做關(guān)于有機(jī)物小分子(非蛋白質(zhì))的動(dòng)力學(xué)模擬分析，我看了一下 VMD 的 Analysis 選單似乎沒(méi)有找到能夠直接計(jì)算這兩項(xiàng)數(shù)據(jù)的功能。 雖然是有 RMSD Trajectory Tool 之類的，但那應(yīng)該是用來(lái)算 rms deviation 的，而不是 rms displacement/distance， 而 torsion/dihedral distribution 的計(jì)算似乎也是沒(méi)有(Ramachandaran plot 應(yīng)該是用來(lái)計(jì)算蛋白質(zhì)的，不清楚可不可以算其他分子?)。 目前我知道 Material Studio 的 Forcite Analysis 是能夠算的，但 MS 似乎不支持 dcd 文件格式。 這里想請(qǐng)教各位蟲友的是，VMD 是否能夠計(jì)算這兩項(xiàng)數(shù)據(jù)? 是否需要自己寫腳本? 又如果 VMD 不容易做到的話，該怎么將 dcd 軌跡檔轉(zhuǎn)換成 MS 可以支持的格式? 非常感謝各位。 |
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