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superwinder銅蟲 (初入文壇)
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[求助]
autodock vina conf.txt 編寫求助 已有1人參與
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第一次用vina，很不熟練，按照視頻上的寫的： receptor = 1.pdbqt ligand = 2.pdbqt center_x = 15.885 center_y = 40.17 center_x = -62.562 size_x = 48 size_y = 40 size_z = 46 結(jié)果出現(xiàn)multiple_occurrence ,去掉_又不能識別  。求助各位，幫忙看下這個txt寫的有問題嗎? 多謝了�。�！ |
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老曼7
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【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
abinitio: 金幣+1, 感謝參與交流 2014-11-09 22:07:03
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不知道樓主是在window還是在linux下操作的。 第一個，你的1和2兩個pdbqt要確定是和config.txt是放在同一目錄下的。 第二個，用命令提交：vina --config config.txt；你的config文件沒有指定用的cpu數(shù)量，所有默認(rèn)只輸出最多9個。 然后要注意的是config文件里的=號是前后都有空格的。 另外你蛋白質(zhì)和配體的pdbqt文件建議在mgltools中來準(zhǔn)備，受體要加了氫，去除共晶和配體，配體則要定義好root和可旋轉(zhuǎn)鍵的數(shù)量，加氫最后保存為pdbqt文件。 最后就是盒子的設(shè)置，一定要確定盒子的中心坐標(biāo)xyz是在活性口袋的中心。 |
2樓2014-11-08 20:39:23
superwinder
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3樓2014-11-09 21:46:34
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4樓2014-11-10 10:22:38
老曼7
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5樓2014-11-10 12:18:00
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6樓2016-07-07 22:09:14
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