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zhangmao511鐵蟲 (小有名氣)
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[求助]
膜蛋白模擬，能量最小化無法收斂的問題�。�
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這2天，在做膜蛋白模擬的時候碰到一個問題，查了半天也沒解決。我用的POPE做膜，POPE bilayer with 340 lipids，然后把我的蛋白嵌進去。 在嵌蛋白的過程中，我是用inflategro.pl做的，先體積膨脹4個scaling factor，再能量最小化；再體積收縮0.95個scaling factor，不停的收縮直到area per lipid達到71 Å2。 但是在膨脹后的能量最小化的時候，無法收斂。。 如圖1： 圖1.jpg 按照上面的指示，9600和9606這2個原子的F max一下子升到了e+13次方。我查了一下這2個原子，是P上的氧原子和另外的H原子。然后，我查了一下，有教程這樣說： 如圖2： 圖2.jpg 我猜測是Add [ exclusions ] 這種情況，所以在我的topol.top文件后面加上了： [ exclusions ] ;atom1 atom2 9606 9600 如圖3： 圖3.jpg 但是，發(fā)現(xiàn)還是能量最小化無法收斂，依然在atom=9600那一步Fmax陡然上升到e+13次方。 不知道，大俠們能不能給一點指點，感謝�。�  |
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zhangmao511
鐵蟲 (小有名氣)
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2樓2014-11-12 09:06:36
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