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shully新蟲 (小有名氣)
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[求助]
DGGE切膠回收后測序，結(jié)果全是雙峰？！ 已有3人參與
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送出去測序，73個(gè)樣品，只有4個(gè)是已通，其余的全是雙峰。請(qǐng)問這是怎么回事呢？ 切膠后回收的PCR程序沒有用之前的那個(gè)，是一個(gè)簡單得多的，是因?yàn)檫@個(gè)原因嗎？ 還是我切膠的技術(shù)太差，全割成幾個(gè)條帶一塊兒的了？ |
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2樓2014-11-14 15:03:19
shully
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3樓2014-11-14 16:10:41
myrazhang
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【答案】應(yīng)助回帖
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看你的樣品是不是微生物量很豐富，如果微生物量較大，相似微生物群落較多的話，可能是你的DGGE并沒徹底分開不同菌株，所以建議優(yōu)化變性劑的梯度~或者切膠回收的DNA樣品，再用相同帶GC夾子的引物PCR，擴(kuò)增產(chǎn)物再做DGGE，這樣既能檢測是否單條帶，又能再次分離雜條帶。 但是，據(jù) Yang 和 Crowley （ 2004 ）的研究發(fā)現(xiàn)有時(shí)同一 DGGE 條帶可能含有兩種或兩種以上的微生物。所以~DGGE能反映多樣性和豐富度，但是作為菌群檢測，還是應(yīng)該選擇更先進(jìn)的方法了哈~ |
4樓2014-11-17 17:04:28
shully
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5樓2014-11-20 10:14:50
boyoushun 
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