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[求助]
為什么比對時同源性98%以上，而做進化樹時值卻很低？ 已有1人參與
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測了接近兩百條16S rDNA序列，用MUTHOR分了OTU，100+個，拿OTU的代表序列在NCBI上進行BLAST，以最高同源性參考序列（同源性都>97%）和代表序列構(gòu)建進化樹，出來的樹很奇怪，值還甚至低到1的。求解？ PS：構(gòu)建進化樹前已經(jīng)將兩端剪平了的。 |
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【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
laozuzunzhe: 金幣+2, 鼓勵交流 2014-11-19 09:09:35
晶晶梁: 金幣+5, ★有幫助 2014-11-19 09:26:01
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你做的基本上都是對的，但是你知道序列與序列之間的長度一致嗎？我之前也遇到過此類問題，但把所有序列的長度都弄到差不多的時候發(fā)育樹就成了。希望對你有用，順便問一下你知道binary index怎么計算相似性嗎？ 這是我的投稿專家給我的意見，你會做嗎？互幫互助吧。To this end, the authors could compute the binary index of similarity between the two sampling dates, based on presence-absence of the taxonomic units (e.g. Dice index). Other indices like taxonomic distinctness may be useful (http://folk.uio.no/ohammer/past/) |
2樓2014-11-18 11:07:32
3樓2014-11-19 09:25:14
4樓2015-05-18 15:35:09
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