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beefly專家顧問 (職業(yè)作家)
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Gaussian用冗余內(nèi)坐標(biāo)優(yōu)化大分子結(jié)構(gòu)時(shí)的問題 已有7人參與
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出錯信息： GradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGrad Berny optimization. FormGI is forming the generalized inverse of G from B-inverse, IUseBI=4. Eigenvalue 1920 is 9.98D-07 should be greater than 0.000001 Eigenvector: A602 A605 A526 A529 A590 1 -0.23218 0.21568 -0.17301 0.17222 -0.16746 A684 A687 D849 A603 D896 1 0.13759 -0.13443 -0.13232 0.11672 0.11547 NTrRot= -1 NTRed= 3567 NAtoms= 642 NSkip= 1647 IsLin=F Error in internal coordinate system. 問題分析： Gaussian默認(rèn)使用冗余內(nèi)坐標(biāo)做結(jié)構(gòu)優(yōu)化，計(jì)算中檢查使用的冗余坐標(biāo)能否構(gòu)成3N-L（L=6或5）個(gè)獨(dú)立內(nèi)坐標(biāo)空間，也就是檢查Wilson G矩陣是否有3N-L個(gè)非零特征值。由于產(chǎn)生冗余內(nèi)坐標(biāo)的算法本身存在缺陷，隨著分子尺寸不斷增加（通常幾百個(gè)原子以上），有些重要的弱化學(xué)鍵（如氫鍵）會被丟掉，導(dǎo)致G矩陣的非零特征值個(gè)數(shù)小于3N-L，就會遇到上面的出錯信息。在Gaussian09.d中，由于重新定義了冗余內(nèi)坐標(biāo)中的成鍵參數(shù)，丟失的弱鍵可能更多，因此程序報(bào)錯的機(jī)會就更多一些。 解決方法： 1，自己寫個(gè)小程序，給定原子類型后，找出鍵長在一定范圍的所有的弱鍵。如果不包含在Gaussian產(chǎn)生的冗余內(nèi)坐標(biāo)中，就把它用opt=ModRedundant加到輸入文件里。 2，更好的辦法是改用直角坐標(biāo)做優(yōu)化，不僅不會遇到上述問題，還可以避免耗時(shí)的G矩陣對角化過程。 |
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4樓2014-11-19 08:15:07
abdoman
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