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Luv_XiaoMian新蟲(chóng) (初入文壇)
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[交流]
請(qǐng)問(wèn)LAMMPS中可以對(duì)體系氫鍵進(jìn)行計(jì)算統(tǒng)計(jì)嗎？ 已有5人參與
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首先我想請(qǐng)問(wèn)一個(gè)水的模型，不管是tip3p還是tip4p，選取合適的勢(shì)函數(shù)以后力場(chǎng)里面包含了氫鍵作用么？ 建模的時(shí)候當(dāng)然只建立了H-0鍵，但是氫鍵的定義應(yīng)該是以氧原子為圓心，一定半徑和角度里能找到非H-O鍵連接的H原子就可以吧， 我覺(jué)得這個(gè)功能LAMMPS計(jì)算起來(lái)應(yīng)該不難的， 所以想請(qǐng)問(wèn)lammps自帶的功能里面有統(tǒng)計(jì)氫鍵這樣的命令嗎，比如compute，或者dump里面有相關(guān)命令嗎，我手冊(cè)貌似沒(méi)有發(fā)現(xiàn)不過(guò)也可能是我看得不夠仔細(xì) 還請(qǐng)大神指點(diǎn)。 又或者用后處理軟件，比如ovito或者vmd來(lái)處理lammps的輸出數(shù)據(jù) vmd里面倒是有氫鍵統(tǒng)計(jì)，在模型可視化里也有Hbond顯示，但是我輸出的模型（好幾個(gè)）既看不到氫鍵，也無(wú)法統(tǒng)計(jì)出氫鍵數(shù) 不知道是我使用VMD方法不得要領(lǐng)，還是LAMMPS是不考慮氫鍵的？ |
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3樓2014-12-03 14:42:23
零度不結(jié)冰
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小木蟲(chóng): 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖
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首先我想請(qǐng)問(wèn)一個(gè)水的模型，不管是tip3p還是tip4p，選取合適的勢(shì)函數(shù)以后力場(chǎng)里面包含了氫鍵作用么？ 最近遇到這個(gè)問(wèn)題，不過(guò)想一下很多人用這個(gè)TIP3P或者TIP4P的模型參數(shù)進(jìn)行水的性質(zhì)計(jì)算，自然是其參數(shù)已經(jīng)優(yōu)化考慮了氫鍵的綜合作用，如果專(zhuān)門(mén)要區(qū)分氫鍵作用的影響，應(yīng)該找另外包含氫鍵的模型。 |
4樓2015-05-21 16:19:07
5樓2019-03-11 15:16:47
S-Loser
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6樓2019-03-11 18:04:30
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