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809011916銅蟲 (小有名氣)
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[求助]
RDFs編程深入探究 已有1人參與
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【求助】論壇內(nèi)已經(jīng)陸續(xù)有關(guān)于RDFs編程相關(guān)的優(yōu)秀帖子給大家交流參考，但是我相信有很多對這個常用小編程依然有疑問并可以深入地研究下，鑒于《分子模擬從算法到應(yīng)用》書中已經(jīng)闡述了基本的模擬思想，我在此處只表示下我想交流求助的問題。 書中做的是分子-分子之間的徑向分布函數(shù)，它是以box和nhis為基準(zhǔn)計算的，現(xiàn)在我如果想以截斷半徑為基準(zhǔn)計算這樣是不是理論可行的？還有如果編寫關(guān)于原子-原子之間的徑向分布函數(shù)，是不是應(yīng)該再添加關(guān)于原子對之間的循環(huán)，應(yīng)該添加多少循環(huán)呢？比如一個環(huán)己烷一個丙烷，處理成CH和CH3或者CH2和之間的徑向分布函數(shù)，怎么去編寫程序呢？ |
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 MD分子動力學(xué) | 徑向分布函數(shù) |
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【答案】應(yīng)助回帖
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809011916: 金幣+3, ★★★很有幫助 2014-11-24 23:47:20
| box通常在確定周期邊界，和模擬區(qū)域的大小計算體積才用。nhis通常是在采樣中應(yīng)用指的：你采樣的區(qū)間個數(shù)�；蛘邩颖镜膮^(qū)分標(biāo)準(zhǔn)；截斷半徑通常要求不大于BOX的一半（模擬區(qū)域是方形或者立方區(qū)域）。好好的把書本上講的看懂，書讀百遍，其義自現(xiàn)。當(dāng)然讀書要有辨別，當(dāng)前有些書中出現(xiàn)點小的錯誤在所難免。有疑問的地方，建議相關(guān)書籍多讀幾本，自然就會明白了。 |
3樓2014-11-23 10:24:37
chuntao118
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2樓2014-11-23 09:31:39
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4樓2014-11-23 13:53:28
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5樓2014-11-23 17:01:58
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