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上官若軒新蟲 (初入文壇)
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[求助]
用Amber計(jì)算結(jié)合自由能時(shí)py出現(xiàn)的cpptraj failed with prmtop com.prmtop!錯(cuò)誤
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我用的是Amber12,在計(jì)算結(jié)合自由能的時(shí)候輸入命令 $AMBERHOME/bin/MMPBSA.py -O -i mmpbsa.in -o FINAL_RESULTS_MMPBSA.dat -sp com_solvated.prmtop -cp com.prmtop -rp pro.prmtop -lp lig.prmtop -y *.mdcrd后 總是出現(xiàn)以下錯(cuò)誤 Loading and checking parameter files for compatibility... mmpbsa_py_energy found! Using /home/lab/amber12/bin/mmpbsa_py_energy cpptraj found! Using /home/lab/amber12/bin/cpptraj Preparing trajectories for simulation... 400 frames were processed by cpptraj for use in calculation. Running calculations on normal system... Beginning GB calculations with /home/lab/amber12/bin/mmpbsa_py_energy calculating complex contribution... CalcError: /home/lab/amber12/bin/cpptraj failed with prmtop com.prmtop! Exiting. All files have been retained. 我看了一些mail list，還是沒有找到解決辦法，不知道是我的拓?fù)湮募霈F(xiàn)問題還是其他的輸入文件的問題。 原本應(yīng)該生成如圖1顯示的那些文件，現(xiàn)在只生成了圖2,其他的文件都沒有，而且_MMPBSA_complex_gb.mdout.0的內(nèi)容也沒有提示哪里有錯(cuò)誤 生成的_MMPBSA_normal_traj_cpptraj.out文件也沒有提示錯(cuò)誤。 請(qǐng)問有人遇到過同樣的錯(cuò)誤嗎？求指點(diǎn)！ Screenshot from 2014-12-04 10:02:30.png Screenshot from 2014-12-04 10:03:24.png |
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