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甲烷的5-site模型 已有1人參與
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做甲烷的吸附，一直用的1-site的模型，現(xiàn)在需要考慮到靜電力了，想嘗試一下1-site和5-site有沒有什么區(qū)別，用MS直接畫的甲烷的模型，導(dǎo)出來的坐標如下： ### Methane Molecule File Molecule_Name: Methane Coord_Info: Listed Cartesian Rigid 5 # number of atoms in molecule 1 -3.834 0.885 -0.000 CarbonCH4 -0.660 0 0 #x,y,z,name,set,type 2 -4.203 -0.126 0.271 HydrogenCH4 0.165 0 0 3 -4.203 1.155 -1.010 HydrogenCH4 0.165 0 0 4 -4.203 1.624 0.740 HydrogenCH4 0.165 0 0 5 -2.724 0.885 0.000 HydrogenCH4 0.165 0 0 認為是剛性的，所以就這樣計算了，但是計算報錯： Note that the NOROTATE or NOTRANSFORM flags will prevent this I assume you want to have rigid insertion? Add the following in Molecule file for spc 1 Molecule_DOF: 6 degree of freedom should be 6 only, (5 for 2 atom, 3 for 1 atom) rigidmoves.F90 : 429 ERROR: DOF is greater than 6, insertions not correctly biased 不知道是什么原因？ |
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5樓2020-02-07 16:42:19
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