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luzihen金蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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[交流]
討論一下帶電粒子的吸附和dipole修正問(wèn)題
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最近看了一篇文章想拿出來(lái)和大家討論一下。我的疑惑是關(guān)于帶電粒子吸附的問(wèn)題。 先上這篇文章，見(jiàn)附件，F(xiàn)irst principles study of the permeability of graphene to hydrogen atoms。 文章講的故事主要是質(zhì)子和氫原子穿過(guò)石墨烯的問(wèn)題，作者用了CI-NEB方法分別計(jì)算了氫原子和質(zhì)子透過(guò)石墨烯的pathway，和相應(yīng)的能壘。最終的結(jié)果是如果石墨烯沒(méi)有缺陷不太好穿過(guò)去。 乍看之下沒(méi)覺(jué)得有什么問(wèn)題，動(dòng)手開(kāi)始重復(fù)的時(shí)候問(wèn)題出現(xiàn)了。作者用的是quantum espresso，雖然沒(méi)有用過(guò)，但是看文章里寫(xiě)的是周期性體系，那么用的應(yīng)該算是slab模型。 看了VASP手冊(cè)，發(fā)現(xiàn)似乎slab是不能手動(dòng)設(shè)置電荷的。準(zhǔn)確說(shuō)不是不能，而是計(jì)算會(huì)出問(wèn)題。見(jiàn)http://cms.mpi.univie.ac.at/vasp/vasp/FAQ.html 最后五小結(jié) 問(wèn)題來(lái)了: 1. 正是上面提到的，hydrogen atom和proton怎么區(qū)分的？ 2. 如果這里不考慮帶電問(wèn)題，就只算hydrogen atom，那么吸附上去以后電荷估計(jì)會(huì)有轉(zhuǎn)移，那么就有個(gè)偶極，按道理講應(yīng)該做偶極修正或者用一個(gè)對(duì)稱(chēng)的adsorbate。但是這里要做permation，所以第二種情況不考慮，所以是不是應(yīng)該做偶極修正？ 這里有個(gè)疑問(wèn)我一直沒(méi)仔細(xì)去查，不怕笑話(huà)提出來(lái)吧：計(jì)算slab模型的時(shí)候需要做個(gè)對(duì)稱(chēng)結(jié)構(gòu)，那么這個(gè)對(duì)稱(chēng)是指slab對(duì)稱(chēng)還是adsorbates也要對(duì)稱(chēng)到另一面去？（直覺(jué)上是都要的，電荷轉(zhuǎn)移產(chǎn)生偶極，周期性會(huì)對(duì)這個(gè)有加強(qiáng)） 如果有理解錯(cuò)誤懇請(qǐng)指出，歡迎討論和批評(píng)！ |
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2014-12-08 18:50:58, 2.05 M
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| 關(guān)于第二個(gè)問(wèn)題：對(duì)于如果是非對(duì)稱(chēng)的slab，一般要做個(gè)鏡面對(duì)稱(chēng)。 我比對(duì)過(guò) 非對(duì)稱(chēng)的slab+偶極修正 和 做個(gè)鏡面對(duì)稱(chēng)的對(duì)稱(chēng)slab，兩者的原子間距 和表面能查不少。個(gè)人覺(jué)得 非對(duì)稱(chēng)的slab轉(zhuǎn)換成對(duì)稱(chēng)的slab，計(jì)算更加精確（但是計(jì)算量可能會(huì)有所增長(zhǎng)）。當(dāng)然要吸附的時(shí)候 上下兩個(gè)面 同時(shí)對(duì)稱(chēng)吸附。 |
2樓2014-12-09 02:09:43
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6樓2015-12-08 15:21:09
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7樓2015-12-08 18:22:16
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9樓2015-12-09 13:51:34
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