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hairan木蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)
瞌睡木蟲(chóng)
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[交流]
Gaussian和MolPro計(jì)算，對(duì)位于分子不同區(qū)域的同一種原子使用不同基組的定義方式 已有4人參與
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1、計(jì)算的需求： 我們?cè)谟?jì)算中經(jīng)常會(huì)遇到一種情況，就是分子比較大但又不至于太大而必須一部分使用類似QM/MM的方式處理，此時(shí)我們希望對(duì)整個(gè)分子用同一種計(jì)算方法（比如HF或MP2或CCSD(T)等），但想對(duì)分子的不同區(qū)域使用不同的基組，這與平常我們根據(jù)元素符號(hào)來(lái)定義基組有些不同，我們需要使用原子默認(rèn)編號(hào)或自定義編號(hào)來(lái)定義基組。 我在網(wǎng)上搜索了一番，用Gaussian如何處理這個(gè)問(wèn)題還有些答案，但不完全，用Molpro如何處理則完全沒(méi)有答案，現(xiàn)將如何使用這兩個(gè)軟件按照原子編號(hào)來(lái)定義基組分享給大家。 2、Gaussian軟件的設(shè)置方式： 2.1 關(guān)鍵詞：gen 2.2 輸入文件示例：甲醛分子，C和O用一種基組，兩個(gè)H分別用另外兩個(gè)不同的基組 ------------------------------------------------------------------------------------------ # MP2/gen MP2 calculation for formaldehyde 0 1 C 0.0000000000 0.0000000000 -0.5904227440 O 0.0000000000 0.0000000000 0.5915772560 H 0.0000000000 0.9327210617 -1.1773089520 H 0.0000000000 -0.9427210617 -1.2773089520 1 2 0 aug-cc-pVTZ **** 3 0 cc-pVTZ **** 4 0 aug-cc-pVQZ **** ------------------------------------------------------------------------------------------ 2.3 說(shuō)明 2.3.1 在輸入文件#打頭的那一行要有一個(gè)gen關(guān)鍵詞告訴程序去輸入文件結(jié)尾讀取基組信息，這與按照元素符號(hào)定義基組是一樣的。 2.3.2 一個(gè)需要知道的知識(shí)是Gaussian軟件默認(rèn)分子坐標(biāo)所在的行數(shù)當(dāng)做分子的編號(hào)，比如第三行的原子的編號(hào)為3，在GaussView中稱作Lebel，大多數(shù)Gaussian使用者不知道的是原子編號(hào)是可以用來(lái)定義基組的。 2.3.3 下面說(shuō)到關(guān)鍵部分，即輸入文件末尾的基組信息定義。 a. 最常用的情況：對(duì)不同的元素用不同的基組，此時(shí)具體基組上面一行出現(xiàn)的是元素符號(hào)，那一行以數(shù)字0結(jié)尾。 b. 需要不同區(qū)域的同一種原子用不同的基組時(shí)：可以將元素符號(hào)替換為原子編號(hào)。如果多個(gè)原子都用同一種基組可以寫(xiě)在一行中，如果原子編號(hào)是連續(xù)的，可以用“-”來(lái)定義一個(gè)范圍，比如“7-16”表示編號(hào)從7到16的所有原子。 c. 注意事項(xiàng)：原子編號(hào)那一行仍然以數(shù)字“0”結(jié)尾；贗勢(shì)的定義中關(guān)于原子的這一行與基組的定義方式一致。 3、MolPro軟件的設(shè)置方式 與Gaussian不同的是，MolPro軟件對(duì)這個(gè)功能的支持還不是很完善，我也是與軟件作者H.-J. Werner教授通信之后才確定我的處理方式是可用的。 3.1 坐標(biāo)的預(yù)處理 需要專門(mén)定義基組的原子需要自己手動(dòng)定義編號(hào)，例如： C 0.0000000000 0.0000000000 -0.5904227440 O 0.0000000000 0.0000000000 0.5915772560 H1 0.0000000000 0.9327210617 -1.1773089520 H2 0.0000000000 -0.9427210617 -1.2773089520 請(qǐng)注意代表氫的兩個(gè)字母H后面分別加了一個(gè)數(shù)字，這個(gè)就是我們手動(dòng)定義的編號(hào)，這個(gè)編號(hào)將在基組的定義中用到。 3.2 輸入文件示例：甲醛分子，C和O用一種基組，兩個(gè)H分別用另外兩個(gè)不同的基組。 ------------------------------------------------------------------------------------------ *** Geomtyp=xyz geometry 4 MP2 calculation for formaldehyde C 0.0000000000 0.0000000000 -0.5904227440 O 0.0000000000 0.0000000000 0.5915772560 H1 0.0000000000 0.9327210617 -1.1773089520 H2 0.0000000000 -0.9427210617 -1.2773089520 } gprint,basis Basis Default=AVTZ H1=VTZ H2=AVQZ end HF MP2 ------------------------------------------------------------------------------------------ 3.3 說(shuō)明 3.3.1 用MolPro處理時(shí)，可以將對(duì)應(yīng)了原子數(shù)最多的一種基組設(shè)置為默認(rèn)，就是上面的Default=AVTZ; 3.3.2 需要專門(mén)定義基組的原子依次寫(xiě)下來(lái)，比如下面的“H1=VTZ”，每個(gè)一行，也可以寫(xiě)在一行中，用逗號(hào)隔開(kāi)； 3.3.3 注意事項(xiàng)： a. MolPro用這種方式處理時(shí)有個(gè)限制：基組定義部分好像不能超過(guò)50個(gè)字符，因此需要盡量用最省字符的方式； b. MolPro支持一些基組的簡(jiǎn)寫(xiě)，可以節(jié)省字符的數(shù)量，比如相關(guān)一致基組aug-cc-pVnZ基組可以簡(jiǎn)寫(xiě)為AVnZ，cc-pVnZ可以簡(jiǎn)寫(xiě)為VnZ （n代表zeta數(shù)目，可以為D, T, Q, 5, 6......）。 c. Werner教授說(shuō)如此定義基組在計(jì)算結(jié)果方面是沒(méi)問(wèn)題的，但如果你要在輸入出文件中輸出基組信息，可能會(huì)輸出的不對(duì)，比如當(dāng)前的輸入文件對(duì)應(yīng)的輸出文件中，只輸出了H1對(duì)應(yīng)的VTZ信息，沒(méi)有輸出H2的AVQZ的信息。MolPro的作者將去解決這個(gè)問(wèn)題。 |
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