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minbad木蟲 (正式寫手)
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[求助]
Lammps fixnve 為什么溫度也一直升高��？ 已有2人參與
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一個有機(jī)分子和一個水，進(jìn)行測試模擬，溫度一致升高， 輸入in文件 —————————————————————————————————— 1 ## Initialization 2 units real #default lj 3 atom_style full #default atomic 4 pair_style lj/cut/coul/cut 10.0 5 pair_modify mix geometric 6 bond_style harmonic 7 angle_style harmonic 8 dihedral_style opls 9 10 read_data data.glucose1wat 11 12 neighbor 2 bin 13 neigh_modify delay 0 every 1 check yes 14 15 timestep 0.5 # default 1fs in real units 16 17 group all molecule 1:2 18 19 thermo 20 20 thermo_style multi 21 22 dump min all custom 500 min.lammpstrj id mol type x y z ix iy iz 23 dump_modify min sort id 24 minimize 1.0e-8 1.0e-8 500 20000 25 undump min 26 27 dump 2 all custom 20 nveMD1.lammpstrj id mol type x y z ix iy iz 28 dump_modify 2 sort id 29 fix fixnve all nve #temp 300.0 300.0 100 30 run 20000 31 undump 2 32 unfix fixnve —————————————————————————————————— 最后就出現(xiàn)bonds atoms missing: ................. ---------------- Step 800 ----- CPU = 0.0614 (sec) ---------------- TotEng = 37433.3818 KinEng = 28019.5768 Temp = 361537.9752 PotEng = 9413.8050 E_bond = 8593.2434 E_angle = 694.9632 E_dihed = 30.0571 E_impro = 0.0000 E_vdwl = 198.2975 E_coul = -102.7561 E_long = 0.0000 Press = 42398.0431 ---------------- Step 820 ----- CPU = 0.0632 (sec) ---------------- TotEng = 173543.1558 KinEng = 50823.3926 Temp = 655776.7303 PotEng = 122719.7632 E_bond = 121031.4794 E_angle = 1585.6246 E_dihed = 35.0079 E_impro = 0.0000 E_vdwl = 186.2945 E_coul = -118.6432 E_long = 0.0000 Press = -262854.6486 ---------------- Step 840 ----- CPU = 0.0648 (sec) ---------------- TotEng = 173729.2625 KinEng = 78851.3657 Temp = 1017423.0440 PotEng = 94877.8968 E_bond = 93040.0890 E_angle = 1838.2278 E_dihed = 42.4633 E_impro = 0.0000 E_vdwl = 15.7058 E_coul = -58.5890 E_long = 0.0000 Press = -110094.8168 ERROR on proc 4: Bond atoms 4 5 missing on proc 4 at step 852 (../neigh_bond.cpp:65) application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 1) - process 4 經(jīng)查，發(fā)現(xiàn)動能逐漸變的很大，即原先鍵連的原子分開了，所以找不到。 不知道為什么它們會分開��？ 懇請大俠幫忙 |
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7樓2014-12-18 19:09:47
ktwyw
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2樓2014-12-17 18:40:13
minbad
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3樓2014-12-17 19:03:48
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4樓2014-12-17 19:11:22
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