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面條向上新蟲 (初入文壇)
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[求助]
真是跪求了，AmberTools里的MCPB
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我按照教程走的，在第5步就是Build Sidechain Model，出現(xiàn)錯誤 ### ### ### ### ### MTK++ Error ### ### Function: MCPB::source ### ### Message: Error reading file 1AMP_OH_settings.bcl ### ### ### ### 問題是明明第4步里的加氫bcl文件中也有 source 1AMP_OH_settings.bcl ,沒有任何問題呀，而且這一步的1AMP_OH_sidechain.bcl是直接copy的也不該有錯。我已經(jīng)反反復(fù)復(fù)檢查了很多遍，都沒發(fā)現(xiàn)問題，現(xiàn)在已經(jīng)快抓狂了。求好心人解疑。 |
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面條向上
新蟲 (初入文壇)
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- 專業(yè): 生物大分子結(jié)構(gòu)與功能
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已發(fā)現(xiàn)問題，那再問一個問題，希望有路過的好心人解答~ 在第四步，就是往PDB加氫時發(fā)生了錯誤， ### ### ### ### ### MTK++ Error ### ### Function: connections::assignStdAngles ### ### Message: Please assign angles before assigning MM parameters for molecule: CU ### ### ### ### ### ### ### ### ### MTK++ Error ### ### Function: connections::assignStdTorsions ### ### Message: Please assign torsions before assigning MM parameters for molecule: CU 并且有警告 ### ### ### ### ### MTK++ Warning ### ### Function: pdbParser ### ### Message: Can't determine 1-letter code for CU. Using 'X'. ### ### ### ### 我試著把教程里的1AMP 的ZN換成CU或FE，也發(fā)生了相同的錯誤。求教在做鋅以外的離子是否需要另加什么參數(shù)？ |
2樓2014-12-24 21:49:44
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