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明月照清渠金蟲(chóng) (小有名氣)
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[求助]
求助，gromacs跑nve能量為神馬不恒定？ 已有1人參與
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求大神指教，為神馬跑NVE的時(shí)候，能量不恒定，還降低呢？NVE設(shè)置如下，不知哪里有錯(cuò)? constraints = h-bonds constraint_algorithm = LINCS lincs_iter = 2 ; accuracy of LINCS lincs_order = 4 ; also related to accuracy integrator = md dt = 0.002 ; ps ! nsteps = 250000000 ; 500 ns nstxout = 50000 nstvout = 100000 nstfout = 100000 nstlog = 10000 nstenergy = 50000 nstxtcout = 50000 nstlist = 10 ns_type = grid coulombtype = PME-Switch vdw_type = Shift rvdw_switch = 0.8 DispCorr = no rlist = 1.2 rcoulomb = 1.0 rvdw = 1.0 pbc = xyz optimize_fft = yes nstcomm = 1 comm-grps = system ; Berendsen temperature coupling is on tcoupl = no tc-grps = system tau_t = 0.1 ; 0.1 0.1 ref_t = 300; 298 298 ; Energy monitoring energygrps = system ; Semiisotropic pressure coupling is now on ;Pcoupl = Berendsen ;Pcoupltype = isotropic ;tau_p = 1 ; 1 ; 5 5 5 5 ;compressibility = 4.5e-5 ;4.5e-5 ; 4.5e-5 0 0 0 ;ref_p = 1.0 ; 1.0 ; 1.0 0 0 0 ; Generate velocites is on at 300K. gen_vel = yes gen_temp = 300 gen_seed = 173529 |
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2樓2014-12-31 15:36:36
明月照清渠
金蟲(chóng) (小有名氣)
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3樓2014-12-31 19:40:35
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