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如何用MEGA5.2構(gòu)建病毒CP序列遺傳進(jìn)化樹？ 已有3人參與
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我獲取了幾條病毒的CP基因序列，希望通過遺傳進(jìn)化樹分析下各分離物的遺傳關(guān)系。但是在構(gòu)建進(jìn)化樹的過程中有很多細(xì)節(jié)還不知該如何選擇，所以想請教一下大家�。。� 首先，我在建樹的時候，看網(wǎng)絡(luò)推薦應(yīng)該選擇N-J鄰近法，然后在參數(shù)選擇的時候該怎么選擇呢？ 1、在bootstrap 參數(shù)選擇的時候，默認(rèn)值是1000，有的方法中推薦為100，這個數(shù)值該如何選擇呢？ 2、在model/method選擇時，我看不同的網(wǎng)絡(luò)推薦中也不盡相同，有jukes-cantor，有kimura 2-parameter，有maximum coposite likelihood，這個到底該選哪個呢？ 3、在gaps/missing date treatment中也有三個選項(xiàng)，具體該如何選擇呢？ 4、我建好樹之后，有的bootstrap特別低，網(wǎng)絡(luò)上說大于70這個分支才是可靠的，數(shù)值小可能是樹的拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)不對，不過我的序列都用DNAMAN進(jìn)行過序列比對，同源性都達(dá)到95%之上，但做出樹就是這個樣子的，請問是這中樹是否正確呢？ 5、請問樹的左下角的標(biāo)尺代表的具體意義是什么呢？ 謝謝大家了，懇請大家能幫我排疑解惑~ 1.png 3.png 4.png 2.png |
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2樓2014-12-30 09:30:04
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★
shan-sa(西門吹雪170代發(fā)): 金幣+3, 鼓勵熱心回帖交流 2015-01-24 20:47:53
shan-sa(西門吹雪170代發(fā)): 金幣+3, 鼓勵熱心回帖交流 2015-01-24 20:47:53
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1、在bootstrap 參數(shù)選擇的時候，這個值越高，驗(yàn)證的次數(shù)越多，就越精確。 2、在model/method選擇時，病毒的，我選擇的是kimura 2-parameter，這個一般都是根據(jù)文獻(xiàn)上找的，文獻(xiàn)上都有。 3、在gaps/missing date treatment中也有三個選項(xiàng)，mega5一般選擇pairwise,而mega6選擇的是comeplete deletion 4、第四個問題不會。不過，我的病毒變異較大，做出來的也是正確 5、標(biāo)尺長度，距離越長，相似度越低吧 |
3樓2015-01-12 17:27:42
4樓2015-01-24 15:07:27
5樓2015-01-24 21:13:17
紅衛(wèi)大兵
木蟲 (正式寫手)
- 應(yīng)助: 177 (高中生)
- 金幣: 1875.1
- 散金: 174
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- 帖子: 358
- 在線: 167.5小時
- 蟲號: 2147864
- 注冊: 2012-11-26
- 性別: GG
- 專業(yè): 植物進(jìn)化生物學(xué)
6樓2015-01-25 09:50:27
7樓2015-07-01 10:28:48
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