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kero醬銅蟲(chóng) (初入文壇)
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[求助]
16s rRNA測(cè)序圖不會(huì)看ＯＴＺ 已有1人參與
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各位大神～我是今年剛跳入火坑的研一新生一枚····· 導(dǎo)師讓我分離鑒定某種菌 我從魚(yú)的組織里分離出了一株菌·····然后提取了細(xì)菌的全基因組，接著送去了測(cè)序···· 測(cè)序公司給我返回了測(cè)序的結(jié)果·· 請(qǐng)問(wèn)接下來(lái)我要怎樣才能知道這菌是屬于哪個(gè)屬�。� |
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jingrong978
木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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【答案】應(yīng)助回帖
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| 您好，我說(shuō)的只供您參考一下。我做的是常規(guī)測(cè)序，是雙脫氧末端終止法測(cè)定，您可以先用chromas軟件打開(kāi)測(cè)序峰圖，因?yàn)榉祷氐浇Y(jié)果前面50bp左右不準(zhǔn)確，后面的就有差異了，我一般是后面的660或是700之后的都會(huì)去掉。之后全部換成fasta格式保存成txt文本，然后跟ncbi上進(jìn)行blast或是上傳到RDP數(shù)據(jù)庫(kù)，或是上傳到EzBioCloud進(jìn)行比對(duì)，這樣就知道了。這是我做的。但是我不知道你的可不可以用這種方法，所以您可以先看一下。 |
2樓2015-01-06 15:20:37
kero醬
銅蟲(chóng) (初入文壇)
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3樓2015-01-08 10:16:56
jingrong978
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4樓2015-01-08 10:37:45
DoRbIr
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5樓2015-01-08 21:16:16
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6樓2015-01-09 14:32:17
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