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Waxwane主管區(qū)長(zhǎng)
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[求助]
關(guān)于Ewald sum算法的相關(guān)問(wèn)題 已有1人參與
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自己作死地用C編寫(xiě)Monte Carlo的代碼，模擬的具體問(wèn)題是粘土礦物對(duì)Ar的吸附。 然后需要加上Ewald Sum算法的問(wèn)題算礦物羥基的長(zhǎng)程力。 但是這個(gè)礦物是三斜晶系的，書(shū)上給的Ewald Sum是立方格子。 我查過(guò)LAMMPS里面，前幾年有個(gè)Ewald/n方法專門(mén)算三斜格子，現(xiàn)在和Ewald本身合并了。 我決定用三斜的格子算，因?yàn)榈V物的周期性是三斜的，用立方重復(fù)不了。但是實(shí)驗(yàn)室其他人不搞算法，他們說(shuō)關(guān)于三斜粘土礦物的文獻(xiàn)，沒(méi)有聽(tīng)過(guò)把格子劃分為三斜格子的說(shuō)法。 我認(rèn)為算短程力的格子可以是立方的，但長(zhǎng)程力不行，那些文獻(xiàn)里沒(méi)有寫(xiě)清楚。 不知道我的觀點(diǎn)正不正確，因?yàn)槲抑荒苷业搅⒎礁褡拥脑创a和偽代碼，沒(méi)見(jiàn)過(guò)三斜的代碼。 還有，如果有編程簡(jiǎn)單一點(diǎn)的，被大家比較公認(rèn)的算長(zhǎng)程力的算法，求推薦。我已經(jīng)要被Ewald sum坑死了。 |
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王慧1021
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5樓2015-01-13 11:48:52
lsloneil
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【答案】應(yīng)助回帖
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Waxwane(月只藍(lán)代發(fā)): 金幣+1, 鼓勵(lì)交流 2015-01-11 12:37:23
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Waxwane(月只藍(lán)代發(fā)): 金幣+1, 鼓勵(lì)交流 2015-01-11 12:37:23
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Ewald的k空間求和里的傅立葉變換還是在直角坐標(biāo)系下進(jìn)行，理論上來(lái)講跟你用什么晶系關(guān)系不大。也就是說(shuō)你依然可以把盒子里的電荷密度做一個(gè)傅立葉變換然后求和。 不過(guò)有一點(diǎn)技術(shù)上我沒(méi)太想明白的是在三斜晶系里做傅立葉變換，倒格子的格矢如何選取。立方盒子格矢很容易選取，直接2pi/L就可以了。三斜晶系下可能要做點(diǎn)額外處理來(lái)獲得一組正交的倒格子格矢？ 實(shí)空間部分求和跟你的晶系有一定關(guān)系，但這一部分很容易處理，因?yàn)橹皇莻�(gè)短程相互作用＋考慮minimum image convention。 |
2樓2015-01-11 03:35:12
Waxwane
實(shí)習(xí)版主
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3樓2015-01-11 18:31:08
lsloneil
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【答案】應(yīng)助回帖
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看不懂你在說(shuō)什么。 我又看了一下DL_POLY中Ewald sum的代碼，對(duì)于所有晶格，它們k空間部分的處理是這樣的。 1.先從晶格的格矢得到倒格子(reciprocal lattice）的格矢 2. 由倒格子的格矢再構(gòu)建一組正交的k空間矢量 3. 有了這組正交的k空間矢量，就可以獲得kmax并進(jìn)行下一步k空間的計(jì)算了。 對(duì)于步驟2，如果是立方盒子，這一步相當(dāng)于什么都沒(méi)做，因?yàn)樵鹊垢褡拥母袷妇褪钦坏�。但�?duì)于三斜的格子，因?yàn)槠涞垢褡痈袷覆皇钦坏�，這一步就可以獲得一組正交的k空間矢量。步驟2的算法的大概意思是，對(duì)于三斜晶系，總可以找到一組正交的格矢，它們形成的晶胞體積跟原晶胞相等。 如果你想看dlpoly的代碼，可以在網(wǎng)上搜DL_POLY classic的代碼（下載需要注冊(cè)，但免費(fèi)）。Ewald的代碼在文件ewald_module.f里，參看subroutine ewald1. |
4樓2015-01-12 01:20:43
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