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北京石油化工學(xué)院2026年研究生招生接收調(diào)劑公告

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鐵蟲 (正式寫手)

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[求助] 請(qǐng)教：vasp計(jì)算bader電荷，電子步已經(jīng)收斂，卻無(wú)法正常結(jié)束！無(wú)法產(chǎn)生CHGCAR��！已有2人參與

OUTCAR里面已經(jīng)提示：

------------------------ aborting loop because EDIFF is reached ----------------------------------------

但是卻無(wú)法產(chǎn)生CHGCAR, out文件里面有提示：

Job  /lsfhome/Soft/lsf/8.0/linux2.6-glibc2.3-x86_64/bin/openmpi_wrapper /home-gg/users/nscc609_SZJ/bin/vasp-5.2.12

TID HOST_NAME COMMAND_LINE          STATUS          TERMINATION_TIME
===== ========== ================  =======================  ===================
00000 gg1423    /home-gg/users/n  Signaled (SIGKILL)    01/18/2015 18:13:28
00001 gg1423    /home-gg/users/n  Signaled (SIGKILL)    01/18/2015 18:13:27
00002 gg1423    /home-gg/users/n  Signaled (SIGKILL)    01/18/2015 18:13:26
00003 gg1423    /home-gg/users/n  Signaled (SIGKILL)    01/18/2015 18:13:26
00004 gg1423    /home-gg/users/n  Signaled (SIGKILL)    01/18/2015 18:13:27
00005 gg1423    /home-gg/users/n  Signaled (SIGKILL)    01/18/2015 18:13:28
00006 gg1423    /home-gg/users/n  Signaled (SIGKILL)    01/18/2015 18:13:27
00007 gg1423    /home-gg/users/n  Signaled (SIGKILL)    01/18/2015 18:13:27
00008 gg1423    /home-gg/users/n  Signaled (SIGKILL)    01/18/2015 18:13:26
00009 gg1423    /home-gg/users/n  Signaled (SIGKILL)    01/18/2015 18:13:27
00010 gg1423    /home-gg/users/n  Signaled (SIGKILL)    01/18/2015 18:13:26
00011 gg1423    /home-gg/users/n  Signaled (SIGKILL)    01/18/2015 18:13:27
00012 gg1026    /home-gg/users/n  Signaled (SIGKILL)    01/18/2015 18:13:23
00013 gg1026    /home-gg/users/n  Signaled (SIGPIPE)    01/18/2015 18:14:13
00014 gg1026    /home-gg/users/n  Signaled (SIGPIPE)    01/18/2015 18:14:13
00015 gg1026    /home-gg/users/n  Signaled (SIGPIPE)    01/18/2015 18:14:13
00016 gg1026    /home-gg/users/n  Signaled (SIGPIPE)    01/18/2015 18:14:13
00017 gg1026    /home-gg/users/n  Signaled (SIGKILL)    01/18/2015 18:13:23
00018 gg1026    /home-gg/users/n  Signaled (SIGKILL)    01/18/2015 18:13:24
00019 gg1026    /home-gg/users/n  Signaled (SIGPIPE)    01/18/2015 18:14:13
00020 gg1026    /home-gg/users/n  Signaled (SIGPIPE)    01/18/2015 18:14:13
00021 gg1026    /home-gg/users/n  Signaled (SIGKILL)    01/18/2015 18:13:24
00022 gg1026    /home-gg/users/n  Signaled (SIGPIPE)    01/18/2015 18:14:13
00023 gg1026    /home-gg/users/n  Signaled (SIGPIPE)    01/18/2015 18:14:13
00024 gg0822    /home-gg/users/n  Signaled (SIGPIPE)    01/18/2015 18:14:12
00025 gg0822    /home-gg/users/n  Signaled (SIGPIPE)    01/18/2015 18:14:12
00026 gg0822    /home-gg/users/n  Signaled (SIGKILL)    01/18/2015 18:14:10
00027 gg0822    /home-gg/users/n  Signaled (SIGKILL)    01/18/2015 18:14:09
00028 gg0822    /home-gg/users/n  Signaled (SIGPIPE)    01/18/2015 18:14:12
00029 gg0822    /home-gg/users/n  Signaled (SIGPIPE)    01/18/2015 18:14:12
00030 gg0822    /home-gg/users/n  Signaled (SIGPIPE)    01/18/2015 18:14:13
00031 gg0822    /home-gg/users/n  Signaled (SIGPIPE)    01/18/2015 18:14:12
00032 gg0822    /home-gg/users/n  Signaled (SIGPIPE)    01/18/2015 18:14:12
00033 gg0822    /home-gg/users/n  Signaled (SIGKILL)    01/18/2015 18:14:10
00034 gg0822    /home-gg/users/n  Signaled (SIGPIPE)    01/18/2015 18:14:12
00035 gg0822    /home-gg/users/n  Signaled (SIGKILL)    01/18/2015 18:14:10

--------------------------------------------------------------------------
mpirun has exited due to process rank 1 with PID 22309 on
node gg1423 exiting without calling "finalize". This may
have caused other processes in the application to be
terminated by signals sent by mpirun (as reported here).
--------------------------------------------------------------------------

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1樓 2015-01-18 19:58:07

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未岸亡靈

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【答案】應(yīng)助回帖

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行俠仗義: 金幣+5, ★★★★★最佳答案 2015-01-20 21:43:44

機(jī)器內(nèi)存不夠大，建議適當(dāng)降低k點(diǎn)，將CONTCAR拷貝成POSCAR，重新交。

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2樓2015-01-18 20:17:28

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2樓: Originally posted by 未岸亡靈 at 2015-01-18 20:17:28
機(jī)器內(nèi)存不夠大，建議適當(dāng)降低k點(diǎn)，將CONTCAR拷貝成POSCAR，重新交。

請(qǐng)問為何算了幾十個(gè)電子步都可以，到收斂的時(shí)候，卻突然跳出來(lái)了？
前面做的電子步需要的內(nèi)存很小，而收斂瞬間內(nèi)存需求變大？

類似的bader作業(yè)我交了幾個(gè)，都是出現(xiàn)這種錯(cuò)誤。

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3樓2015-01-18 20:30:19

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3樓: Originally posted by 行俠仗義 at 2015-01-18 20:30:19
請(qǐng)問為何算了幾十個(gè)電子步都可以，到收斂的時(shí)候，卻突然跳出來(lái)了？
前面做的電子步需要的內(nèi)存很小，而收斂瞬間內(nèi)存需求變大？

類似的bader作業(yè)我交了幾個(gè)，都是出現(xiàn)這種錯(cuò)誤。...

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4樓2015-01-19 09:04:16

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hookah

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【答案】應(yīng)助回帖

感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1

請(qǐng)給出計(jì)算過程的主要控制文件：INCAR和KPOINTS請(qǐng)給出來(lái)，否則我們也只能瞎猜測(cè)。

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5樓2015-01-19 09:39:12

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引用回帖:

5樓: Originally posted by hookah at 2015-01-19 09:39:12
請(qǐng)給出計(jì)算過程的主要控制文件：INCAR和KPOINTS請(qǐng)給出來(lái)，否則我們也只能瞎猜測(cè)。

ISTART = 0
ICHARG = 2
ISMEAR= 0
SIGMA= 0.2
PREC = N
LREAL= A
GGA=PE
#VOSKOWN=1
#NBANDS= 280
ISPIN= 2
ENCUT= 500
#NPAR=4
#NEDOS=602
#EMIN=-10
#EMAX=20
NELM = 500
NELMIN = 4
EDIFF = 1.0E-5
NELMDL = -5
NSW = 0
EDIFFG = -2.0E-02
ISIF = 2
IBRION = -1
#POTIM=0.2
#WIGS =1.286 0.900
#LORBIT =11
LWAVE = F
LCHARG= T
#IALGO= 38
#ALGO = F
LVHAR=T
LAECHG=T
NGXF=280
NGYF=280
NGZF=672
#ISYM=0
#IDIPOL=3
#LDIPOL=T

K-points
0
G
4 4 1
0 0 0

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6樓2015-01-19 12:42:12

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4樓: Originally posted by 未岸亡靈 at 2015-01-19 09:04:16
just try, and then you will know the truth....

Thank you. It might be a problem with lack of memory. I find one task terminated normally. This task have used 50% cores more than the abnormally terminated jobs.

I will try to calculate other bader-jobs in this way (take up more cores to allocate enough memory).

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7樓2015-01-19 12:54:20

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請(qǐng)教樓主，如何用vasp算bader電荷？是vasp會(huì)直接給出bader電荷數(shù)值，還是先計(jì)算電荷密度，再用分析程序分析得到bader電荷？謝謝

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8樓2015-01-22 12:42:04

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2樓: Originally posted by 未岸亡靈 at 2015-01-18 20:17:28
機(jī)器內(nèi)存不夠大，建議適當(dāng)降低k點(diǎn)，將CONTCAR拷貝成POSCAR，重新交。

您好!請(qǐng)教一下，vasp 5.2可以分析bader電荷嗎？
chgsum.pl運(yùn)行正常，但是下一步不行-bash: bader: command not found，可以麻煩您說說原因嗎？

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9樓2015-04-13 14:44:31

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