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小櫻123新蟲(chóng) (初入文壇)
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[求助]
如何在MS6.0的DMol3模塊下，分析差分電荷密度，具體的操作怎樣，新手求助，不勝感激
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還有，差分電荷密度和形變電荷密度有什么區(qū)別？ 另外，有木有大神會(huì)DMol3模塊的布局分析啊？ |
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gmy1990: 金幣+3, 感謝應(yīng)助 2015-01-23 23:07:37
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差分電荷指的是片段結(jié)合為體系前后電荷密度差，形變電荷指的是原子結(jié)合成體系前后的電荷密度差。 DMol3不能直接進(jìn)行差分電荷的計(jì)算，需要手工處理。 如果一定要做，你可以將片段A和片段B結(jié)合的體系A(chǔ)B進(jìn)行結(jié)構(gòu)優(yōu)化并計(jì)算電荷密度，然后對(duì)優(yōu)化后的結(jié)構(gòu)分別刪去A（剩下B）進(jìn)行保存以及刪去B(剩下A)進(jìn)行保存，之后分別按照完全一樣精度以及一樣的密度生成格點(diǎn)計(jì)算剩余的AB單獨(dú)的片段的單點(diǎn)能及電荷密度，然后分別將grd文件提取出來(lái)，對(duì)三個(gè)grd文件對(duì)應(yīng)的數(shù)據(jù)進(jìn)行做差。所以這個(gè)過(guò)程建議采用PBC模式使得計(jì)算密度格點(diǎn)的邊界以及網(wǎng)格一致，否則不能夠做差。一般建議格點(diǎn)的生成精度不要小于fine。 至于三個(gè)格點(diǎn)文件都能夠通過(guò)記事本打開(kāi)，也可以改名字為txt通過(guò)origin打開(kāi)，或者自己寫(xiě)程序使三個(gè)格點(diǎn)文件一一對(duì)應(yīng)進(jìn)行做差。 至于布居分析，DMol對(duì)于周期體系只能進(jìn)行Mulliken和Hirshfeld布居，孤立體系還可以做overlap相關(guān)以及ESP的分析。這些在計(jì)算的對(duì)話框能夠非常簡(jiǎn)單地實(shí)現(xiàn)。 |
2樓2015-01-23 18:51:26
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3樓2015-01-24 08:14:07
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4樓2015-01-30 16:57:29
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gmy1990: 金幣+2 2015-01-31 01:55:48
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形變電荷指的是形成整個(gè)體系原子間的電荷得失，差分電荷指的是兩個(gè)參考片段之間形成整個(gè)體系這些片段電荷的得失。 舉個(gè)例子，比如CH3OH，如果形變電荷指的就是形成CH3OH之后各個(gè)原子電荷密度的變化；而差分電荷指的是：以CH3與OH形成CH3OH，那么形成前后電荷密度的變化，當(dāng)然，參考的片段不同結(jié)果也是不同的，具體要看想考察那兩個(gè)部分的結(jié)合，如H和CH3O得到的差分電荷與前面就不同。對(duì)于雙原子分子，差分電荷等于形變電荷。 |
5樓2015-01-30 21:01:46
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6樓2017-01-16 10:17:18
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格點(diǎn)不一致的話只能通過(guò)插值等方法（這就降低了可靠性）處理到格點(diǎn)一致，否則沒(méi)有程序能夠處理。PBC指的是周期性邊界條件，只有這樣你才能夠保證同一原子能夠在分?jǐn)?shù)坐標(biāo)重合以及格點(diǎn)邊界尺寸一致。 實(shí)際上你要清楚電荷密度差在數(shù)值處理上的具體過(guò)程，實(shí)際就是密度的格點(diǎn)在實(shí)空間一一對(duì)應(yīng)進(jìn)行做差，要滿足這個(gè)條件的話，你可以考慮一下應(yīng)該怎么處理才不會(huì)引進(jìn)其他的數(shù)值誤差，看看是否和我前面提到的一致。 |
7樓2017-01-16 12:33:04
goudiaocao
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8樓2017-01-16 14:42:42
9樓2017-10-19 08:26:40
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