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[求助]
求助，加力場的時候出現(xiàn)了氫原子識別錯誤
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各位好，我想得到一個冰晶結構的top文件，所以用pdb文件生成，在添加力場的時候出現(xiàn)了這個錯誤： Fatal error: Atom HW in residue HOH 1 was not found in rtp entry HOH with 3 atoms while sorting atoms. 我的命令是：pdb2gmx4ms -f ice-text5.pdb -o ice.gro -p ice.top pdb文件是： REMARK Materials Studio PDB file REMARK Created: Fri Jan 23 10:37:38 中國標準時間 2015 ATOM 1 OW SOL H 1 0.000 5.184 0.462 1.00 0.00 O ATOM 2 HW SOL H 1 0.000 5.175 1.419 1.00 0.00 H ATOM 3 HW SOL H 1 0.000 4.182 0.134 1.00 0.00 H ATOM 4 OW SOL H 1 2.251 1.285 0.462 1.00 0.00 O ATOM 5 HW SOL H 1 2.251 1.276 1.419 1.00 0.00 H ATOM 6 HW SOL H 1 2.251 0.283 0.134 1.00 0.00 H ATOM 7 OW SOL H 1 0.000 2.614 4.126 1.00 0.00 O ATOM 8 HW SOL H 1 0.000 2.623 5.083 1.00 0.00 H ATOM 9 HW SOL H 1 0.000 3.616 3.798 1.00 0.00 H ATOM 10 OW SOL H 1 2.251 6.513 4.126 1.00 0.00 O ATOM 11 HW SOL H 1 2.251 6.522 5.083 1.00 0.00 H ATOM 12 HW SOL H 1 2.251 7.515 3.798 1.00 0.00 H ATOM 13 OW SOL H 1 2.251 6.437 6.866 1.00 0.00 O ATOM 14 HW SOL H 1 3.046 6.042 7.194 1.00 0.00 H ATOM 15 HW SOL H 1 1.456 6.042 7.194 1.00 0.00 H ATOM 16 OW SOL H 1 0.000 5.260 3.202 1.00 0.00 O ATOM 17 HW SOL H 1 -0.795 5.655 3.530 1.00 0.00 H ATOM 18 HW SOL H 1 0.795 5.655 3.530 1.00 0.00 H ATOM 19 OW SOL H 1 2.251 1.361 3.202 1.00 0.00 O ATOM 20 HW SOL H 1 3.046 1.756 3.530 1.00 0.00 H ATOM 21 HW SOL H 1 1.456 1.756 3.530 1.00 0.00 H ATOM 22 OW SOL H 1 0.000 2.538 6.866 1.00 0.00 O ATOM 23 HW SOL H 1 -0.795 2.143 7.194 1.00 0.00 H ATOM 24 HW SOL H 1 0.795 2.143 7.194 1.00 0.00 H TER 25 CONECT 1 2 3 CONECT 2 1 CONECT 3 1 CONECT 4 5 6 CONECT 5 4 CONECT 6 4 CONECT 7 8 9 CONECT 8 7 CONECT 9 7 CONECT 10 11 12 CONECT 11 10 CONECT 12 10 CONECT 13 14 15 CONECT 14 13 CONECT 15 13 CONECT 16 17 18 CONECT 17 16 CONECT 18 16 CONECT 19 20 21 CONECT 20 19 CONECT 21 19 CONECT 22 23 24 CONECT 23 23 CONECT 24 24 END 因為是新手，卡在這里好久了，求救各位大神，感激不盡！ |
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