 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 1308 | 回復(fù): 4 | |||
1142634328銅蟲 (初入文壇)
|
[求助]
請(qǐng)問遇到下面問題怎么辦，謝謝 已有1人參與
|
|
1AKI.pdb在gromacs中進(jìn)行到能量最小化（輸入的命令行是：grompp -f minim.mdp -c 1AKI_solv_ions.gro -p topol.top -o em.tpr）。系統(tǒng)給出的提示是：WARNING 1 [file minim.mdp ,line 12]; unknown left-hand cutoff-scheme in parameter file. minim.mdp的參數(shù)： integrator = steep emtol = 1000 emstep = 0.01 nstlist = 1 cutoff-scheme =verlet ns-type = grid coulombtype = PME rcoulomb =1.0 rvdw = 1.0 pbc =xyz 在Ubuntu上安裝grace，步驟如下 cd grace/ ls (屏幕顯示grace-5.1.19.tar.gz) tar -zxvf grace-5.1.19.tar.gz ./configure --enable-float(后面換成: ./configure) 系統(tǒng)提示： bash: ./configure:沒有那個(gè)文件或目錄 我還試了下面的步驟： cd grace/ ls (屏幕顯示grace-5.1.19.tar.gz) tar -zxvf grace-5.1.19.tar.gz cd grace-5.1.19 make make install 為了驗(yàn)證grace是否安裝成功，在終端輸入xmgrace -nxy fws_pe.xvg 系統(tǒng)提示：程序xmgrace尚未安裝 其中g(shù)race-5.1.19中有makefile 和configure文件 問題1：上面提到的line 12 是指minim.mdp中的第12行參數(shù)嗎？如果是的話，minimum.mdp文件中只有10行，系統(tǒng)給出的提示中為什么是line 12? 問題2：遇到WARNING 1 [file minim.mdp ,line 12]; unknown left-hand cutoff-scheme in parameter file.怎么辦？ 問題3：:遇到bash: ./configure:沒有那個(gè)文件或目錄，怎么處理 問題4：遇到系統(tǒng)提示：程序xmgrace尚未安裝，怎么處理 |
回復(fù)此樓» 收錄本帖的淘帖專輯推薦
 MDs-Gromacs |
» 猜你喜歡
276求調(diào)劑。有半年電池和半年高分子實(shí)習(xí)經(jīng)歷
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
接收2026碩士調(diào)劑(學(xué)碩+專碩)
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
材料與化工考研調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
081700 調(diào)劑 267分
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
一志愿重慶大學(xué)085700資源與環(huán)境，總分308求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
336化工調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
08工學(xué)調(diào)劑
已經(jīng)有10人回復(fù)
-
263求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
298求調(diào)劑
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
考研化學(xué)308分求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
» 本主題相關(guān)價(jià)值貼推薦，對(duì)您同樣有幫助:
- 創(chuàng)建耦合，加載之后出現(xiàn)下面的錯(cuò)誤，是什么原因？謝謝
已經(jīng)有5人回復(fù)
- dmol優(yōu)化鐵簇的問題
已經(jīng)有16人回復(fù)
- 蘋果多酚工藝優(yōu)化在design-expert軟件遇到的問題失擬項(xiàng)太明顯該怎么辦，急求解答謝謝
已經(jīng)有7人回復(fù)
- latex安裝過程中出現(xiàn)下面的問題，組件傳送錯(cuò)誤，拒絕訪問，請(qǐng)問該怎么解決啊
已經(jīng)有5人回復(fù)
- fluent封閉流場(chǎng)的一些問題，請(qǐng)寵友們來探討一下。
已經(jīng)有14人回復(fù)
- ICEM結(jié)構(gòu)網(wǎng)格出問題了，怎么辦，好心人來討論一下.........
已經(jīng)有8人回復(fù)
- fluent封閉流場(chǎng)的遇到的一些問題，麻煩大家來探討一下，求大神指點(diǎn)。多謝各位
已經(jīng)有9人回復(fù)
- 關(guān)于抗磁材料和順磁材料是否存在磁滯回線的問題
已經(jīng)有12人回復(fù)
- 最近word老是出現(xiàn)這個(gè)問題，請(qǐng)問怎么解決
已經(jīng)有8人回復(fù)
- 用360瀏覽器經(jīng)常出現(xiàn)這樣的問題，怎么辦。
已經(jīng)有8人回復(fù)
- 準(zhǔn)備簽證過程中遇到的一些問題，求P助！
已經(jīng)有6人回復(fù)
- LDA+U遇到的一個(gè)奇怪的問題？？？
已經(jīng)有14人回復(fù)
- 問下這個(gè)問題怎么解決.....真心啊
已經(jīng)有4人回復(fù)
- 本人查閱文獻(xiàn)，遇到一個(gè)問題，請(qǐng)教哪位給我解答哈，在下將不勝感激！
已經(jīng)有18人回復(fù)
- matlab程序運(yùn)行總是出現(xiàn)下面的錯(cuò)誤，請(qǐng)各位高手指點(diǎn)一下，謝謝了！急 急急
已經(jīng)有5人回復(fù)
- 2個(gè)A類錯(cuò)誤，求解決辦法
已經(jīng)有19人回復(fù)
- （急）投稿中遇到的問題，謝謝
已經(jīng)有9人回復(fù)
- 【求助】分水器除水，甲苯與水共沸的問題
已經(jīng)有25人回復(fù)
- 【求助】看文獻(xiàn)中遇到一個(gè)問題，請(qǐng)教各位大蝦!
已經(jīng)有10人回復(fù)
- 怎么會(huì)出現(xiàn)這樣的錯(cuò)誤，求解決謝謝
已經(jīng)有5人回復(fù)
- 【求助】幫忙計(jì)算一下第二題陰影部分的面積 謝謝
已經(jīng)有4人回復(fù)
- 【求助】gromacs出現(xiàn)了一個(gè)問題
已經(jīng)有10人回復(fù)
- 【求助】用NAMD 做NPT模擬遇到下面的問題
已經(jīng)有10人回復(fù)
- 【求助】forrtl: error (78): 怎么回事？
已經(jīng)有7人回復(fù)
- 【求助】初學(xué)MS遇到下面這個(gè)問題怎么解決
已經(jīng)有18人回復(fù)
fangsteel
木蟲 (正式寫手)
- 應(yīng)助: 96 (初中生)
- 金幣: 1213.6
- 散金: 32
- 紅花: 22
- 帖子: 456
- 在線: 192.1小時(shí)
- 蟲號(hào): 2248690
- 注冊(cè): 2013-01-18
- 性別: GG
- 專業(yè): 原子和分子物理
2樓2015-01-24 10:38:54
1142634328
銅蟲 (初入文壇)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 158.8
- 帖子: 38
- 在線: 13.5小時(shí)
- 蟲號(hào): 2842684
- 注冊(cè): 2013-12-02
|
; minim.mdp - used as input into grompp to generate em.tpr integrator = steep ; Algorithm (steep = steepest descent minimization) emtol = 1000.0 ; Stop minimization when the maximum force < 1000.0 kJ/mol/nm emstep = 0.01 ; Energy step size nsteps = 50000 ; Maximum number of (minimization) steps to perform ; Parameters describing how to find the neighbors of each atom and how to calculate the interactions nstlist = 1 ; Frequency to update the neighbor list and long range forces cutoff-scheme = Verlet ns_type = grid ; Method to determine neighbor list (simple, grid) coulombtype = PME ; Treatment of long range electrostatic interactions rcoulomb = 1.0 ; Short-range electrostatic cut-off rvdw = 0.8 ; Short-range Van der Waals cut-off pbc = xyz ; Periodic Boundary Conditions (yes/no) 我用上面這個(gè)mdp文件又試了下，系統(tǒng)給出的錯(cuò)誤提示為WARNING 1 [file minim.mdp, line 14]: Unknown left-hand 'cutoff-scheme' in parameter file |
3樓2015-01-24 13:41:23
fangsteel
木蟲 (正式寫手)
- 應(yīng)助: 96 (初中生)
- 金幣: 1213.6
- 散金: 32
- 紅花: 22
- 帖子: 456
- 在線: 192.1小時(shí)
- 蟲號(hào): 2248690
- 注冊(cè): 2013-01-18
- 性別: GG
- 專業(yè): 原子和分子物理
4樓2015-01-24 16:14:55
1142634328
銅蟲 (初入文壇)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 158.8
- 帖子: 38
- 在線: 13.5小時(shí)
- 蟲號(hào): 2842684
- 注冊(cè): 2013-12-02
5樓2015-01-24 16:55:57
相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 1142634328 的主題更新
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 317求調(diào)劑 +12 | 申子申申 2026-03-19 | 18/900 |
|
|---|---|---|---|---|
|
|
[考研] 307求調(diào)劑 +11 | 冷笙123 2026-03-17 | 11/550 |
|
|
[考研] 315分，誠(chéng)求調(diào)劑，材料與化工085600 +3 | 13756423260 2026-03-22 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑院校信息 +6 | CX 330 2026-03-21 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 260求調(diào)劑 +3 | 朱芷琳 2026-03-20 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 384求調(diào)劑 +3 | 子系博 2026-03-22 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 初試 317 +7 | 半拉月丙 2026-03-20 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 0805 316求調(diào)劑 +3 | 大雪深藏 2026-03-18 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 材料工程專碩 348分求調(diào)劑 +3 | 冬辭. 2026-03-17 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 297求調(diào)劑 +11 | 戲精丹丹丹 2026-03-17 | 12/600 |
|
|
|
[考研] 306求0703調(diào)劑一志愿華中師范 +5 | 紙魚ly 2026-03-21 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 085601調(diào)劑 358分 +3 | zzzzggh 2026-03-20 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 機(jī)械專碩299求調(diào)劑至材料 +3 | kkcoco25 2026-03-16 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 化學(xué)求調(diào)劑 +4 | 臨澤境llllll 2026-03-17 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 一志愿中國(guó)石油大學(xué)（華東） 本科齊魯工業(yè)大學(xué) +3 | 石能偉 2026-03-17 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 332求調(diào)劑 +4 | ydfyh 2026-03-17 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 材料 336 求調(diào)劑 +3 | An@. 2026-03-18 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 中南大學(xué)化學(xué)學(xué)碩337求調(diào)劑 +3 | niko- 2026-03-19 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 290求調(diào)劑 +7 | ^O^乜 2026-03-19 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 收復(fù)試調(diào)劑生 +4 | 雨后秋荷 2026-03-18 | 4/200 |
|