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渭水飛熊木蟲 (小有名氣)
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[求助]
antechamber 限制電荷問題 已有1人參與
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在分子模擬中，需要建一個力場，在優(yōu)化電荷的時候，使用ambertools里的antechamber進行resp電荷的擬合，這些都沒問題； 問題是：參考文獻中，在這個長的碳鏈中，除了首尾的位置外，其他的中間的-CH2-需要限制電荷相等，這樣方便建力場，但在antechamber不怎么會使用，看說明書也暈暈乎乎的，不知道如何限制。 希望各位大牛能不吝指導(dǎo)，怎樣使用antechamber或ambertools中的工具使得中間的相同的-CH2-的電荷限制成一樣的！！ 先謝謝啦！ 1.png |
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tracel
木蟲 (正式寫手)
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渭水飛熊: 金幣+100, ★★★★★最佳答案 2015-02-05 21:02:59
渭水飛熊: 金幣+100, ★★★★★最佳答案 2015-02-05 21:02:59
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將RESP電荷的INPUT2 中的電荷設(shè)置限制參數(shù)參考下例(乙烷)： 0 6 6 0 1 0 1 2 2表示與第2行的氫原子電荷相同(下同) 1 2 6 1 1表示與第1行的碳原子電荷相同(下同) 1 2 1 2 1 2 |
2樓2015-02-05 20:21:23
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