 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 2 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 1858 | 回復: 1 | |||
| 本帖產生 1 個 MolEPI ，點擊這里進行查看 | |||
[交流]
國外學者對昂飛芯片廣告的吐槽 看完我也是醉了 已有1人參與
|
|||
|
呵呵，因為最近老板想用昂飛的芯片來搞點東西，于是我就在谷歌上搜索昂飛的信息，聽說去年升級了，他的廣告做的相當搶眼啊。呵呵，于是讓我偶然看到這篇文章，國外學者果然是不怕作死啊，不過，看完我覺得還蠻有道理的啊……于是我把這篇文章簡單翻譯了一下，歡迎吐槽拍磚。翻譯得不準確的地方，請大家自行看原文。 Don’t believe the Affymetrix anti-hype 文章地址 https://liorpachter.wordpress.co ... fymetrix-anti-hype/  第一，作者開始提出一個直觀的不足，就是昂飛本身提供的圖片質量很差，而且在點擊之后也僅能輕微的放大。  第二，在昂飛的宣傳中說RNA-seq可能使用RefSeq注釋(這個數據庫的基因往往只有三個可變剪切)，因此昂飛得出結論：芯片能夠提供轉錄水平的分辨率，而RNA-seq不能。作者認為這一個非常荒謬的結論，理由：RefSeq是一個保守的注釋數據庫（譯者注：NCBI的Refseq注釋結果可行度高，但信息不全；而一般RNA-seq的注釋使用Ensemble的注釋，這個數據庫信息更新快且全面），而且RNA-seq同樣可以注釋到多種數據庫里。  第三，下圖是昂飛在宣傳中特別刻意的提到芯片的噪音更�。ū娝苤酒旧淼奶貏e容易受到背景噪音影響）。作者認為這是昂飛公司在宣傳中的微妙的投機取巧的詭計，就是這個圖的X軸（橫坐標）是RPM，RPM是Reads Per Million的縮寫，這是一個奇怪又不常用的單位。RNA使用的是RPKM值,是Reads Per Kilobase of exon model per Million mapped reads的縮寫。作者指出RPKM值才是描述豐度最佳的公式，是一個真實的常用單位。（普及一下：RPKM 中的K，指的是對基因的長度進行矯正，以便基因表達量的定量更準）   RNA-seq以RPM來計算的話，假如一個轉錄本比較短，即使它的實際表達量和一個長轉錄本相同，它都呈現(xiàn)比長轉錄本更少的reads數，因此短轉錄本呈現(xiàn)的RPM數值才顯得更小。作者認為把基于RPM計算的RNA-seq結果和芯片表達量計算的結果兩個數值放在一個坐標里，就像蘋果和橘子混合在一起比較，這是兩個完全不相同的事物，由此造成了它們坐標上的差異。  第四，作者在評價下圖時，指出昂飛的宣傳中并沒有給出RNA-seq實驗中“外顯子表達”的計算和檢測方法。作者一度懷疑這張圖也如第三點提到的那樣，RNA-seq與芯片的reads數沒有采取統(tǒng)一的單位標準，甚至可能忽略了spliced reads或者其他可能的轉錄本信息。作者對圖中呈現(xiàn)的結果提出了直接的質疑。  第五，有很多的不同的研究者通過RNA-seq、芯片單獨或聯(lián)合使用進行了不同的研究，芯片和RNA-seq在某些方面確實有各自一定的優(yōu)勢。而對于疾病的研究而言，他們推薦使用RNA-seq去鑒定與疾病相關的轉錄本，芯片用于去篩選患者中是否有這些轉錄本。 第六，有研究者同時利用RNA-seq和芯片去檢測同樣的樣本（而不是像昂飛所謂經典案例中，用RNA-seq去驗證芯片檢測的樣本）。 作者發(fā)現(xiàn)兩點： 一、芯片和RNA-seq具有很強的相關性； 二、芯片遺漏了很多表達差異的轉錄本，尤其是低豐度水平的，換個言之，RNA-seq比芯片具有更好的分辨率。  最后，作者認為雖然還沒有到完全取消芯片的時候，但是RNA-seq確實在許多方面有它運用的優(yōu)勢，比如等位基因特異性表達，鑒別RNA的編輯、研究非模式生物基因表達等等。  也正是基于以上各種原因，作者認為RNA-seq優(yōu)于芯片。 所以是NGS好還是芯片好，哪位大神可以幫忙解答一下啊啊啊啊啊 |
回復此樓» 猜你喜歡
不合理蛙科研實驗中的趣事：實驗器材的 “烏龍”
已經有0人回復
-
不合理蛙科研實驗中的趣事：和實驗材料的 “斗智斗勇”
已經有0人回復
-
化學工程及工業(yè)化學論文潤色/翻譯怎么收費?
已經有206人回復
-
蛋白質檢測：精準分析，解鎖生物分子的密碼
已經有0人回復
-
不合理蛙科研實驗之小鼠實驗：嚴謹設計，解析生命機制的重要載體
已經有0人回復
-
不合理蛙科研實驗之重金屬檢測：精準篩查，守護健康與環(huán)境的防線
已經有0人回復
-
不合理蛙科研實驗之“蛙測重金屬我背鍋三千”
已經有0人回復
-
不合理蛙科研實驗之“鼠逃三次我發(fā)三篇SCI”
已經有0人回復
-
納米粒度分析
已經有3人回復
-
林科院林化所招收材料與化工專業(yè)碩士，坐標南京
已經有0人回復
fuyuandj86
版主 (著名寫手)
己所不欲，勿施于人
- 應助: 397 (碩士)
- 貴賓: 0.015
- 金幣: 7575.7
- 散金: 493
- 紅花: 60
- 沙發(fā): 2
- 帖子: 1312
- 在線: 1386.9小時
- 蟲號: 544795
- 注冊: 2008-04-13
- 性別: GG
- 專業(yè): 生物化學
- 管轄: 生物科學
2樓2015-02-07 03:53:43
相關版塊跳轉
我要訂閱樓主 cherrymei 的主題更新
| 2 | 1/1 | 返回列表 |
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 0703化學336分求調劑 +5 | zbzihdhd 2026-03-15 | 6/300 |
|
|---|---|---|---|---|
|
|
[基金申請] 被我言中：新模板不強調格式了，假專家開始管格式了 +4 | beefly 2026-03-14 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 材料專碩326求調劑 +6 | 墨煜姒莘 2026-03-15 | 7/350 |
|
|
[考研] 332求調劑 +6 | Zz版 2026-03-13 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 290求調劑 +3 | p asserby. 2026-03-15 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 一志愿蘇州大學材料工程（085601）專碩有科研經歷三項國獎兩個實用型專利一項省級立項 +6 | 大火山小火山 2026-03-16 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 材料與化工304求B區(qū)調劑 +7 | 邱gl 2026-03-11 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 考研調劑 +3 | 淇ya_~ 2026-03-17 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 一志愿985，本科211，0817化學工程與技術319求調劑 +5 | Liwangman 2026-03-15 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 304求調劑 +5 | 素年祭語 2026-03-15 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 0703化學調劑 +6 | 妮妮ninicgb 2026-03-15 | 9/450 |
|
|
|
[考研]
 機械專碩調劑
+3
|
笨笨兔子 2026-03-12 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 0856專碩279求調劑 +5 | 加油加油！? 2026-03-15 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 288求調劑 +4 | 奇點0314 2026-03-14 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 308 085701 四六級已過求調劑 +7 | 溫喬喬喬喬 2026-03-12 | 14/700 |
|
|
|
[考研] 學碩285求調劑 +13 | Wisjxn 2026-03-12 | 46/2300 |
|
|
|
[考研] 308求調劑 +5 | 是Lupa啊 2026-03-11 | 5/250 |
|
|
|
[碩博家園] 085600 260分求調劑 +3 | 天空還下雨么 2026-03-13 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 295求調劑 +3 | 小匕仔汁 2026-03-12 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 270求調劑 085600材料與化工專碩 +3 | YXCT 2026-03-11 | 3/150 |
|