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高準(zhǔn)確度肺癌診斷生物標(biāo)記物的鑒定和驗證 (Accuracy: 91%)
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一個不錯的甲基化組合進(jìn)行腫瘤診斷的文章思路，數(shù)據(jù)挖掘+樣本驗證，干濕結(jié)合。 單基因DNA甲基化雖然具有重要的肺癌診斷意義，但提供的診斷效能是有限的，其診斷準(zhǔn)確度距離臨床應(yīng)用尚有較大差距。采用多位點聯(lián)合診斷是目前腫瘤診斷的發(fā)展趨勢。因此搜索最優(yōu)的甲基化生物標(biāo)記物組合以獲得最大的診斷性能是一個巨大的挑戰(zhàn)。作者采用整合公共數(shù)據(jù)庫中已經(jīng)收錄了大量腫瘤樣本及其對照樣本的全基因組DNA甲基化芯片數(shù)據(jù)，通過對這些數(shù)據(jù)的整合，標(biāo)準(zhǔn)化，批次效應(yīng)消除等處理，可以有效地增加腫瘤標(biāo)記物探索階段的樣本量，并據(jù)此發(fā)現(xiàn)了5個重要的非小細(xì)胞肺癌甲基化生物標(biāo)記物（AGTR1，GALR1，SLC5A8，ZMYND10和NTSR1）。作者繼而又開發(fā)了基于SNPshot的甲基化狀態(tài)確定單核苷酸引物延伸技術(shù)（MSD-SNuPET）利用漢族人群非小細(xì)胞肺癌和正常對照對上述五個肺癌生物標(biāo)記物的甲基化狀態(tài)進(jìn)行了檢測。并采用多種預(yù)測模型，包括logistic回歸，支持向量機(jī)，隨機(jī)森林預(yù)測及Bayes樹的方法，結(jié)合5倍交叉驗證的方法建立了腫瘤/正常組織預(yù)測模型，并對預(yù)測模型的靈敏性，特異性和準(zhǔn)確性進(jìn)行了評估。結(jié)果證實AGTR1，GALR1，SLC5A8，ZMYND10和NTSR1為非小細(xì)胞肺癌有效的甲基化生物標(biāo)記物，其聯(lián)合甲基化譜可作為一種有效的非小細(xì)胞肺癌診斷模型。 文獻(xiàn)鏈接如下： Identification and validation of the methylation biomarkers of non-small cell lung cancer (NSCLC) http://www.clinicalepigeneticsjournal.com/content/7/1/3 |
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