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請問TCGA的level2數(shù)據(jù)是通過哪種方法標準化的？ 已有1人參與
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TCGA原始數(shù)據(jù)是level1，level2數(shù)據(jù)是通過預處理標準化得到的。 但我查了tcga官網(wǎng)，沒有查到是用什么方法標準化，是mas5還是RMA還是gcRMA。 求高人指點。多謝。 |
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xingzhou823
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【答案】應助回帖
★ ★
蘭溪清淺(西門吹雪170代發(fā)): 金幣+2, 鼓勵回帖交流 2015-03-11 20:36:54
蘭溪清淺(西門吹雪170代發(fā)): 金幣+2, 鼓勵回帖交流 2015-03-11 20:36:54
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TCGA中除了SNP外，還有臨床數(shù)據(jù)、拷貝數(shù)變異數(shù)據(jù)、突變數(shù)據(jù)、表達譜數(shù)據(jù)、DNA甲基化數(shù)據(jù)等，看你需要哪種類型的數(shù)據(jù)進行分析； 數(shù)據(jù)水平一般有3個，但是一般level 1和level 2的數(shù)據(jù)收到保護無法下載，只能下載level 3的數(shù)據(jù). 下載level 3的數(shù)據(jù)，TCGA就是提供的把數(shù)據(jù)mapping到對應的Gene symbol為單位的數(shù)據(jù)上了(affy平生產的數(shù)據(jù)和agilent平臺的數(shù)據(jù)都適用)。如果你需要gene ID，那從biomart等網(wǎng)站都可以下載到gene symbol--》gene ID之間的映射關系，當然，biomart也可以直接下載到affy-->gene ID之間的關系。那個agilent的那個平臺，好象是TCGA專門定制的，貌似在其他地方得不到轉換表，但是，你可以直接使用level 3數(shù)據(jù)就好。 |
2樓2015-03-09 10:54:04
3樓2015-03-11 09:25:56
xingzhou823
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4樓2015-03-11 15:18:57
5樓2015-12-06 11:36:20
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TCGA的官網(wǎng)上有提到用了RMA標準化了affymetrix的數(shù)據(jù)。 “For affymetrix platform, If CEL files (level1 data) are normalized by RMA (Robust Multi-chip Average) method, the outputs are expression values normalized across all samples (level 3 data).” 詳見：https://wiki.nci.nih.gov/display/TCGA/Data+level |
6樓2016-01-07 15:11:16
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