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gn02530640銀蟲 (小有名氣)
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[求助]
NAMD - 如何正確定義 & 計(jì)算未知有機(jī)分子的電荷? 已有2人參與
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各位蟲友好，小弟目前正在用 NAMD 做關(guān)于 tetraphenylethylene 這個(gè)分子的模擬研究，但模擬結(jié)果一直不是很好，也由于某些原因所以暫時(shí)不考慮更換力場或者是軟件。目前個(gè)人猜想是top文件中關(guān)于 tetraphenylethylene 的bond、angle、charge 等信息定義不夠正確，因此想請問各位蟲友一般在定義未知分子的結(jié)構(gòu)信息時(shí)各位都是怎么做的? 我目前知道的方法有以下幾種： (1) SwissParam 和 Paramchem cgenff atom typing 這兩個(gè)網(wǎng)站能夠直接給出 NAMD 所需要的 top 文件，尤其是 SwissParam 提供的檔案非常完整。不過 SwissParam 的電荷和二面角是基于 Merck Molecular ForceField 所計(jì)算出來的，而 NAMD 則是 Charmm 力場，所以可能不太適合? (2) 用 Gaussian 計(jì)算 計(jì)算本身沒什么問題，但我想問如果我用 Gaussian 來為 tetraphenylethylene做結(jié)構(gòu)優(yōu)化 & 計(jì)算電荷，那么在模擬時(shí)所要添加的溶劑(ex:水，丙酮…)的top文件是不是也要改用 Gaussian 計(jì)算的結(jié)果，而不能用原本 NAMD 已經(jīng)給定的 top 文件? (3) 用 VMD 的 Force Field Toolkit Plugin 來計(jì)算 目前還在學(xué)，還不知道性能如何。 以上，感謝各位。 |
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6樓2016-09-29 20:45:11
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