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細胞STR鑒定 ——及時發(fā)現(xiàn)您的細胞是否被交叉污染或錯誤辨識
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看到Science雜志2014年12月發(fā)表了一篇題為“Cell Biology. Fixing problems with cell lines”的專題文章闡述細胞交叉污染和錯誤辨識，2個月后Science一篇題為“Line of attack”文章濃墨重彩描述在學術界中培養(yǎng)的細胞發(fā)生交叉污染或被錯誤辨識的嚴重性，其實關于細胞污染問題不少機構、學者一直呼吁各個實驗室及相關機構重視。同時也看到不少人在網(wǎng)上咨詢細胞STR鑒定，因此今天特將本人整理的資料和大家分享。 言歸正傳，據(jù)統(tǒng)計約30%細胞系被交叉污染或錯誤辨識[1-6]，因使用了交叉污染或錯誤辨識的細胞而導致研究結論錯誤、結果不可重復、臨床細胞治療災難性后果……，這浪費大量時間、精力和金錢。因此NIH、ATCC、Nature和Science等近年對此多次發(fā)出呼吁，要求研究者對細胞進行鑒定[4, 5, 7, 8]。STR（ShortTandem Repeat，短串聯(lián)重復序列）基因分型已被ICLAC、ATCC等權威機構作為金標準應用于細胞鑒定[9-11]，目前越來越多的雜志要求在投稿時提供細胞STR分型圖譜。 STR基因位點由長度為3～7個堿基對的短串連重復序列組成[12]，這些重復序列廣泛存在于人類基因組中，可作為高度多態(tài)性標記，并可通過pcr（聚合酶鏈式反應）來檢測。STR 基因座位上的等位基因可通過擴增區(qū)域內重復序列的拷貝數(shù)的不同來區(qū)分，在毛細管電泳分離之后可通過熒光檢測來識別。隨后通過一定的計算方法[9, 13]，即可根據(jù)所得的STR分型結果與專業(yè)的細胞STR數(shù)據(jù)庫比對從而推算出樣品所屬的細胞系或可能的交叉污染的細胞系名稱。 已開始要求細胞STR鑒定的期刊： Nature; BioTechniques; CancerResearch; CancerDiscovery; Clinical Cancer Research; MolecularCancer Research; CancerPrevention Research; InternationalJournal of Cancer; MolecularCancer Therapeutics; CellBiochemistry and Biophysics; CancerEpidemiology, Biomarkers & Prevention; In VitroCellular & Developmental Biology – Animal; ...... 細胞STR鑒定優(yōu)勢： 1. 多基因檢測、高靈敏度：現(xiàn)在可同時檢測21個STR基因座+1個性別識別位點，僅需3ng DNA即可判斷細胞類型及可能的細胞交叉污染； 2. 專業(yè)的數(shù)據(jù)庫對比： ATCC的數(shù)據(jù)庫包含600多條人細胞系的STR數(shù)據(jù)， RIKEN有不到600條STR數(shù)據(jù)，國內廣東有家公司號稱自建了一個STR數(shù)據(jù)庫，包含約8000種細胞的數(shù)據(jù)； 3. 速度快：一般一天可以做上百個樣品。 在此集中答復一下大家常見的問題： 1、我可以自己在實驗室做細胞STR鑒定嗎？ 答：可以，如果自己有測序儀，然后去Promega或者Life買一個試劑盒就可以摸索著自己去做了。不過一般不建議自己做，因為儀器和試劑價格不菲，如果自己要鑒定的細胞不多的話，犯不著自己去折騰。 2、哪里可做細胞STR鑒定？ 答：國外像ATCC、Promega都可以做，國內目前也有公司開始在專門做。 3、做STR的費用高嗎？ 答：國內的服務費大概是1000元/樣品。 參考文獻 1. Reid, Y.A., Characterization and authentication of cancer cell lines: an overview.Methods Mol Biol, 2011. 731: p. 35-43. 2. Capes-Davis, A., etal., Check your cultures! A list ofcross-contaminated or misidentified cell lines. Int J Cancer, 2010. 127(1):p. 1-8. 3. Chatterjee, R., Cell biology. Cases of mistaken identity.Science, 2007. 315(5814): p. 928-31. 4. Lorsch, J.R., F.S.Collins, and J. Lippincott-Schwartz, CellBiology. Fixing problems with cell lines. Science, 2014. 346(6216):p. 1452-3. 5. Neimark, J., Line of attack. Science, 2015. 347(6225):p. 938-40. 6. Zhao, M., et al., Assembly and initial characterization of apanel of 85 genomically validated cell lines from diverse head and neck tumorsites. Clin Cancer Res, 2011. 17(23): p. 7248-64. 7. Masters, J.R., Cell-line authentication: End the scandal offalse cell lines. Nature, 2012. 492(7428): p. 186. 8. McLaren, R.S., Y.Reid, and D.R. Storts, Human cell lineauthentication: the critical first step in any project using human cell lines.Methods Mol Biol, 2013. 963: p. 341-53. 9. Masters, J.R., etal., Short tandem repeat profilingprovides an international reference standard for human cell lines. Proc Natl Acad Sci U S A, 2001. 98(14): p. 8012-7. 10. American Type CultureCollection Standards Development Organization Workgroup, A.S.N., Cell line misidentification: the beginningof the end. Nat Rev Cancer,2010. 10(6): p. 441-8. 11. American Type CultureCollection Standards Development Organization Workgroup, A.S.N., Authentication of Human Cell Lines:Standardization of STR Profiling. 2011, ANSI/ATCC ASN-0002-2011. 12. Edwards, A., et al., DNA typing and genetic mapping with trimericand tetrameric tandem repeats. Am JHum Genet, 1991. 49(4): p.746-56. 13. Sorensen, T., A Method of Establishing Groups of EqualAmplitude in Plant Sociology Based on Similarity of Species Content and ItsApplication to Analyses of the Vegetation on Danish commons. Biol Skr, 1948. 5: p. 1-34. |
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1. 2014年12月Science雜志發(fā)表了一篇題為“Cell Biology. Fixing problems with cell lines”的文章專題闡述細胞交叉污染和錯誤辨識； 2. 2015年2月Science又一篇題為“Line of attack”文章濃墨重彩描述目前科研界培養(yǎng)的細胞發(fā)生交叉污染或被錯誤辨識的嚴重性； 3. 2015年4月Nature又發(fā)出通知Nature期刊即將實行新審稿政策：Nature旗下雜志將從5月開始要求作者鑒定論文中所用細胞系； 4. 2015年6月有報道稱一科學家由于用錯細胞系，撤銷Nature論文。 |
3樓2015-08-03 10:06:33
2樓2015-04-25 11:55:29
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