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renyan0627銅蟲 (小有名氣)
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[求助]
求助各位老師同學(xué)，如何分析預(yù)測反應(yīng)位點，萬分感謝！ 已有1人參與
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求助各位老師同學(xué)，本人是食品專業(yè)研二學(xué)生，但最近要用到量子化學(xué)計算苯二酚和其亞硝基取代物的電荷分布，以判斷其發(fā)生親電取代的位點和取代先后順序。 我看了Sob姐的“使用Multiwfn的定量分子表面分析功能預(yù)測反應(yīng)位點、分析分子間相互作用”一文，其中以苯酚作為例子做了介紹，我覺得和我想做的很類似。 但是由于以前從未接觸過量子化學(xué)，也對軟件操作不了解，所以對于具體操作仍舊不是很清楚，想向各位老師同學(xué)求助。 在文中以苯酚舉例時，輸入關(guān)于C6H6O的每個原子數(shù)值，就得到苯酚.wfn，這個數(shù)值我怎么計算得到呢？比如我要得到鄰苯二酚.wfn應(yīng)該怎么做呢？ 后面得出了極大值點和極小值點的電荷數(shù)據(jù)，那如何得出苯環(huán)上每個碳原子的電荷數(shù)據(jù)呢？ 真誠希望各位老師同學(xué)可以提供幫助，在下萬分感謝！ |
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renyan0627
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謝謝您的回復(fù)。我目前遇到的問題是，在Gaussview中畫好圖，然后保存為gjf格式，然后在gaussian03w中打開，參數(shù)設(shè)置參照了原帖中苯酚的例子，但是在最下面的Molecule specification中它自動生成的數(shù)據(jù)是這樣的： C C 1 B1 C 2 B2 1 A1 C 3 B3 2 A2 1 D1 C 4 B4 3 A3 2 D2 C 1 B5 2 A4 3 D3 H 1 B6 6 A5 5 D4 H 2 B7 1 A6 6 D5 H 3 B8 2 A7 1 D6 H 4 B9 3 A8 2 D7 H 6 B10 1 A9 2 D8 O 5 B11 4 A10 3 D9 H 12 B12 5 A11 4 D10 B1 1.39516000 B2 1.39471206 B3 1.39542701 B4 1.39482508 B5 1.39482907 B6 1.09961031 B7 1.09965530 B8 1.09968019 B9 1.09968011 B10 1.09960403 B11 1.43000000 B12 0.96000000 A1 120.00863221 A2 119.99416459 A3 119.99399231 A4 119.99845680 A5 120.00431986 A6 119.98077039 A7 120.01279489 A8 119.98114211 A9 120.00799702 A10 120.01134336 A11 109.50000006 D1 -0.05684321 D2 0.03411439 D3 0.03234809 D4 -179.97984142 D5 179.95324796 D6 179.96185208 D7 -179.99643617 D8 179.98917535 D9 -180.00000000 D10 89.93168724 1 2 1.5 6 1.5 7 1.0 2 3 1.5 8 1.0 3 4 1.5 9 1.0 4 5 1.5 10 1.0 5 6 1.5 12 1.0 6 11 1.0 7 8 9 10 11 12 13 1.0 13 然后我點擊運行后，Gaussian一直運行到l703.EXE就又開始重復(fù)l101.exe，一直往復(fù)，就是不出結(jié)果。但是按照原帖中的復(fù)制過來，就重復(fù)一次就得到結(jié)果了。請問是我哪里操作錯誤還是也要得到像下圖這樣的數(shù)據(jù)再導(dǎo)入Gaussian嗎？謝謝您 截圖.png |
5樓2015-04-08 20:49:01
qchem
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2樓2015-04-03 06:26:39
renyan0627
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3樓2015-04-07 21:10:19
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4樓2015-04-08 06:52:46
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