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honeyzhao金蟲 (正式寫手)
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[求助]
autodock給沒有添加上電荷的原子手動添加電荷應(yīng)該加多少？有什么依據(jù)沒？ 已有1人參與
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| 本人在做autodock對接時(shí)，配體受體分子中含有金屬離子K，當(dāng)PDB文件轉(zhuǎn)換到PDBQT文件時(shí)，會出現(xiàn)K和邊上幾個O原子未添加上電荷，請問我是否應(yīng)該按金屬離子的化合價(jià)添加，然后把電荷給氧原子一平均的辦法呢？看了一些資料說這樣添加是肯定添加多了，增加了這些電荷靜電的影響.請問各位大神我應(yīng)該依據(jù)什么給原子添加電荷？誠摯請教！謝謝！ |
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2樓2015-04-10 20:54:09
鄒超jmu
新蟲 (初入文壇)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 16.5
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3樓2019-10-28 21:49:24
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