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wmllr

金蟲 (小有名氣)

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[求助] 求助VASP基本問題，急��！已有2人參與

我在用VASP算一個(gè)4x4的類石墨烯結(jié)構(gòu)表面吸附一個(gè)三原子分子的問題，還停留在幾何優(yōu)化上，共使用8個(gè)核，但計(jì)算速度極慢，感覺和單機(jī)的速度差不多，電子很難收斂，以下是我的nohup文件和INCAR文件的設(shè)置，nohup文件第一行的warning是什么意思？基底和吸附結(jié)構(gòu)我是分別優(yōu)化之后才放在一起的，為什么還會(huì)算的這么慢呢？求大神幫助。
nohup.out文件的一部分

WARNING: Unable to read mpd.hosts or list of hosts isn't provided. MPI job will be run on the current machine only.
running on 8 nodes
distr:  one band on 1 nodes, 8 groups
vasp.5.2.2 15Apr09 complex
POSCAR found :  3 types and 36 ions
LDA part: xc-table for Pade appr. of Perdew
POSCAR, INCAR and KPOINTS ok, starting setup
WARNING: small aliasing (wrap around) errors must be expected
FFT: planning ...(          1 )
reading WAVECAR
entering main loop
   N    E                   dE          d eps    ncg    rms       rms(c)
DAV: 1    0.726763155688E+03 0.72676E+03 -0.33909E+04  2520 0.550E+02
DAV: 2 -0.531792977301E+02 -0.77994E+03 -0.74614E+03  3464 0.155E+02
DAV: 3 -0.164243744258E+03 -0.11106E+03 -0.10788E+03  2944 0.579E+01
DAV: 4 -0.170677151460E+03 -0.64334E+01 -0.63670E+01  3256 0.202E+01
DAV: 5 -0.170909689250E+03 -0.23254E+00 -0.23204E+00  3488 0.341E+00
DAV: 6 -0.170918095212E+03 -0.84060E-02 -0.84011E-02  3480 0.674E-01 0.359E+01
DAV: 7 -0.237577611800E+03 -0.66660E+02 -0.29439E+02  3240 0.729E+01 0.577E+01
DAV: 8 -0.145147607684E+03 0.92430E+02 -0.22476E+02  3128 0.517E+01 0.360E+01
DAV: 9 -0.139360699744E+03 0.57869E+01 -0.70471E+01  3456 0.101E+02 0.349E+01
DAV:  10 -0.130516999014E+03 0.88437E+01 -0.11300E+01  3312 0.873E+00 0.213E+01
DAV:  11 -0.138882301083E+03 -0.83653E+01 -0.30765E+01  3576 0.112E+01 0.213E+01
DAV:  12 -0.146196021374E+03 -0.73137E+01 -0.79004E+00  3304 0.131E+01 0.768E+00
DAV:  13 -0.150986647654E+03 -0.47906E+01 -0.50411E+00  3528 0.427E+00 0.151E+01
DAV:  14 -0.152545938915E+03 -0.15593E+01 -0.62658E-01  3312 0.192E+00 0.140E+01
DAV:  15 -0.151688868778E+03 0.85707E+00 -0.11066E+00  2968 0.226E+00 0.931E+00
DAV:  16 -0.154083519663E+03 -0.23947E+01 -0.19894E+00  3288 0.197E+00 0.575E+00
DAV:  17 -0.156653795266E+03 -0.25703E+01 -0.18565E+00  3200 0.353E+00 0.473E+00
DAV:  18 -0.159694168124E+03 -0.30404E+01 -0.19810E+00  3080 0.354E+00 0.491E+00

INCAR文件

SYMTEM = b-MnCL3  unitcell

ISTART = 0
ICHARG=2
ISIF=2
ISMEAR = 0  ! Gaussian smearing
SIGMA=0.2
POTIM=0.1
ISPIN = 2  ! spin polarized calculation
NSW = 500  ! ionic steps
EDIFF = 1.0e-04
EDIFFG = -0.03
NELM = 300
NELMDL=6
WEIMIN=0
IBRION =2 ! use the conjugate gradient algorithm
ECUT= 450
PREC = Normal
VOSKOWN=1
LWAVE=F
LCHARG=F
LREAL=Auto
ALGO=38

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1樓 2015-04-12 20:08:20

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★
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wmllr: 金幣+1 2015-04-13 21:22:51

盡量保持結(jié)構(gòu)對稱性可加快計(jì)算速度

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2樓2015-04-13 19:01:04

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【答案】應(yīng)助回帖

稍微再補(bǔ)充一下

VASP有關(guān)對稱性的設(shè)置是
ISYM 與 SYMPREC 你可以在網(wǎng)上查一下這兩個(gè)參數(shù)要怎麼設(shè)置

另外再提醒一下你POSCAR的unit cell 跟原子位置要放得有對稱性
VASP才能辨識(shí)出你系統(tǒng)的對稱群是屬於哪個(gè)群

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3樓2015-04-14 00:32:12

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★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
wmllr: 金幣+1 2015-04-14 08:05:34

我感覺，考慮吸附的話，應(yīng)該關(guān)掉對稱性吧。

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一定要精通MaterialsStudios,VASP.

4樓2015-04-14 01:14:43

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franch: 金幣+2, 謝謝回帖交流。。。。 2015-05-12 09:24:17

引用回帖:

4樓: Originally posted by vasp001 at 2015-04-14 01:14:43
我感覺，考慮吸附的話，應(yīng)該關(guān)掉對稱性吧。

我的意思是
讓兩邊都吸附讓他至少有上下對稱性

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5樓2015-04-14 02:34:21

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franch: 金幣+2, 謝謝回帖交流。。。。 2015-05-12 09:24:08

引用回帖:

5樓: Originally posted by skydark at 2015-04-14 02:34:21
我的意思是
讓兩邊都吸附讓他至少有上下對稱性...

這樣不好吧。吸附尤其是化學(xué)吸附會(huì)破壞石墨烯平面的對稱結(jié)構(gòu)。

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一定要精通MaterialsStudios,VASP.

6樓2015-04-14 02:40:38

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hwj2016

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樓主，我想問一下你的類石墨烯結(jié)構(gòu)是如何建模的，在MS中建的嗎？如何建？

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7樓2015-05-08 16:49:28

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wmllr: 金幣+2, ★有幫助 2015-05-09 12:37:54

WARNING: Unable to read mpd.hosts or list of hosts isn't provided. MPI job will be run on the current machine only.
感覺是你電腦平行運(yùn)算出了問題
只用了一臺(tái)電腦去算而已
你是不是沒送上超級(jí)電腦上算
只在寫input file的電腦上算?

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8樓2015-05-08 16:58:58

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wmllr

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★ ★ ★
franch: 金幣+3, 鼓勵(lì)交流。。。。 2015-05-12 09:24:30

引用回帖:

7樓: Originally posted by hwj2016 at 2015-05-08 16:49:28
樓主，我想問一下你的類石墨烯結(jié)構(gòu)是如何建模的，在MS中建的嗎？如何建？

1）從MaterialsStudio 中g(shù)raphite，把層間距拉長。這樣就能得到graphene.
（2）先導(dǎo)入石墨（陶瓷文件里有），然后build---surface cleave,此時(shí)注意hkl的選取以及uv的方向的選取；然后點(diǎn)擊確定即可。加真空層的厚度，在BUILD--CRYSTAL 有vacumm選項(xiàng)，注意厚度的選擇，一般大于15。然后做超胞即可，superwell選項(xiàng)。
（3）導(dǎo)入graphite （in the file of structure-ceramics ), 然后build -Symmetry-make P1. 然后切掉中間一層。然后切掉其中一層，將剩下的一層移到c軸中間附近。
bulid-Symmetry-find symmetry-impose symmetry。這樣就得到了 honeycomb lattice primitive cell。
如果需要大片結(jié)構(gòu)，可以用bulid - symmetry - Surpercell 來構(gòu)建。。。得到菱形格子。
這是一般構(gòu)建石墨烯結(jié)構(gòu)的方法，希望對你有幫助。

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9樓2015-05-09 19:08:10

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引用回帖:

9樓: Originally posted by wmllr at 2015-05-09 19:08:10
1）從MaterialsStudio 中g(shù)raphite，把層間距拉長。這樣就能得到graphene.
（2）先導(dǎo)入石墨（陶瓷文件里有），然后build---surface cleave,此時(shí)注意hkl的選取以及uv的方向的選��；然后點(diǎn)擊確定即可。加真空層的 ...

求教：你用石墨烯吸附三原子分子欲求最佳吸附位時(shí)要把分子按三個(gè)不同原子依次放在石墨烯的頂，間，橋位上然后弛豫嗎？

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10樓2015-07-04 23:54:10

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