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lzgmm新蟲(chóng) (初入文壇)
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[求助]
BLAST到的標(biāo)準(zhǔn)菌株做樹(shù)時(shí)與被測(cè)菌不聚在一起，怎么回事？
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無(wú)論從NCBI上BLAST的結(jié)果，還是從RDP數(shù)據(jù)庫(kù)里match到的，都顯示檢測(cè)菌16S rRNA基因與Bacillus megaterium 相似度最高，其次是Bacillus aryabhattai，可是把這兩個(gè)標(biāo)準(zhǔn)菌株的序列下載下來(lái)，再加上其他部分bacillus屬的菌，還用了一個(gè)Staphylococcus 屬的作為外部參照，結(jié)果做的樹(shù)檢測(cè)菌不僅不和Bacillus megaterium 、Bacillus aryabhattai 聚在一起，親緣關(guān)系 比那個(gè)參照的還遠(yuǎn)，這是怎么回事��？?jī)蓚�(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)里查出來(lái)的都是些bacillus屬的，又都聚不到一起 而且，我用clustalx比對(duì)檢測(cè)菌和Bacillus megaterium 、Bacillus aryabhattai 的序列時(shí)，檢測(cè)菌跟兩個(gè)標(biāo)準(zhǔn)菌的差異好大啊，為什么還會(huì)BLAST到它們呢？ 哪位遇到過(guò)相似的問(wèn)題？誰(shuí)能幫我解答一下，多謝了！ |
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