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wzjing103新蟲(chóng) (初入文壇)
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[求助]
Lammps模擬苯酚和水在PDMS膜中的擴(kuò)散，msd沒(méi)有增加
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我做水和苯酚在聚二甲基硅氧烷膜中的擴(kuò)散對(duì)比，以下是in文件中設(shè)置的部分，為什么水和苯酚的msd根本沒(méi)有增加，只是稍微有波動(dòng)？（本人是初學(xué)者，剛接觸幾個(gè)月） 體系中有3個(gè)聚二甲基硅氧烷分子，苯酚和水各五個(gè) pair_style hybrid lj/charmm/coul/charmm 8.0 10.0 lj/cut/tip4p/long 6 7 5 8 0.15 12.0 bond_style harmonic angle_style charmm kspace_style pppm/tip4p 0.001 neighbor 2.0 bin neigh_modify delay 0 every 1 check yes timestep 1.0 min_style fire minimize 1.0e-16 1.0e-16 50000 100000 fix limit all nve fix speed all langevin 293 293 10 482799 run 500000 unfix limit fix relax all nvt temp 293 293 100 run 1000000 |
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lsloneil
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【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
wzjing103: 金幣+2, ★有幫助 2015-04-27 16:13:19
wzjing103(abinitio代發(fā)): 金幣+2, 鼓勵(lì)交流 2015-04-28 07:42:17
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很難說(shuō)，你的設(shè)置看上去有點(diǎn)奇怪。正常體系的MD模擬，一般是先minimize，然后NVT下平衡，然后NVE下采樣。 而你的步驟，在minimize之后，卻用了fix langevin + fix nve 你這樣做有什么特殊的理由嗎？是別人文獻(xiàn)里也這么做的？ fix langevin一般是對(duì)隱式溶劑(implicit solvent）下的模擬使用的，也就是說(shuō)在模擬中沒(méi)有水分子，所有水分子被當(dāng)成均一的介質(zhì)，用隨機(jī)力來(lái)模擬溶質(zhì)分子與水分子的碰撞。但我看你的pair_style里有 lj/cut/tip4p，看起來(lái)是有水分子存在的，所以我覺(jué)得用fix langevin不是非常合理。 另外, fix langevin不能和fix nvt混用，所以你在unfix nve后也需要unfix langevin。 你的MSD計(jì)算是怎么設(shè)置的？ |
2樓2015-04-27 13:26:14
wzjing103
新蟲(chóng) (初入文壇)
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我是想模擬水和苯酚的布朗運(yùn)動(dòng)所以用了fix langevin，我對(duì)模擬的過(guò)程了解的不太多，msd計(jì)算用的是 compute m1 phenol msd/molecule compute m2 h2o msd/molecule variable msd1 equal c_m1[1][4] variable msd2 equal c_m1[2][4] variable msd3 equal c_m1[3][4] variable msd4 equal c_m1[4][4] variable msd5 equal c_m1[5][4] variable msd6 equal c_m2[1][4] variable msd7 equal c_m2[2][4] variable msd8 equal c_m2[3][4] variable msd9 equal c_m2[4][4] variable msd10 equal c_m2[5][4] variable step equal step fix msd all print 10000 "${step} ${msd1} ${msd2} ${msd3} ${msd4} ${msd5} ${msd6} ${msd7} ${msd8} ${msd9} ${msd10}" file all.msd screen no |
3樓2015-04-27 14:37:43
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4樓2015-12-16 21:36:20
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我也遇到同樣的問(wèn)題，MSD的運(yùn)算步長(zhǎng)沒(méi)達(dá)到當(dāng)初設(shè)計(jì)的值。 能否看看你的in文件，不勝感激。 zzz5170@163.com  |
5樓2015-12-18 19:02:19
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