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逆刃刀客金蟲 (正式寫手)
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[求助]
關(guān)于費(fèi)舍爾精確檢驗(yàn)單側(cè)還是雙側(cè)檢驗(yàn)選擇的請教 已有1人參與
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我是做生物信息學(xué)的研究生，現(xiàn)在我希望通過費(fèi)舍爾精確檢驗(yàn)去判斷兩個(gè)基因的突變是否是同時(shí)發(fā)生的。例如：1表示基因突變，0表示基因未突變。假設(shè)有基因A=[0,1,1,0,0],基因B=[0,1,1,0,0].也就是A和B同時(shí)發(fā)生，我用MATLAB測試兩個(gè)基因是否是同時(shí)突變的。 當(dāng)做右側(cè)檢驗(yàn)，p=0.1, 當(dāng)做左側(cè)檢驗(yàn)，p=1, 當(dāng)做雙側(cè)檢驗(yàn)，p=0.1。 如果兩個(gè)基因?yàn)锳=[0,1,1,0,0]，B=[1,0,0,1,1]。也就是A和B不同時(shí)發(fā)生，使用MATLAB測試，則 當(dāng)做右側(cè)檢驗(yàn)，p=1, 當(dāng)做左側(cè)檢驗(yàn)，p=0.1, 當(dāng)做雙側(cè)檢驗(yàn)，p=0.1。 因此我看使用右側(cè)檢驗(yàn)更好一些，p值小，更顯著，因此我使用了右側(cè)檢驗(yàn)。 但是，審稿人說我這樣做是不正確的，請問各位，這是為什么？怎樣判斷使用雙側(cè)還是單側(cè)？ |
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2樓2015-05-06 12:28:08
逆刃刀客
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3樓2015-05-07 09:05:47
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【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
逆刃刀客: 金幣+12, ★★★★★最佳答案, 謝謝你，我明白了，豁然開朗，非常感謝。 2015-05-07 10:23:31
逆刃刀客: 金幣+12, ★★★★★最佳答案, 謝謝你，我明白了，豁然開朗，非常感謝。 2015-05-07 10:23:31
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這要看你希望test的hypothesis是什么，如果alternative hypothesis是兩個(gè)基因的突變不獨(dú)立，則應(yīng)該用雙尾檢驗(yàn)；如果alternative hypothesis是兩個(gè)基因的突變正相關(guān)（傾向同時(shí)突變），則應(yīng)該用上單尾檢驗(yàn)；同理，負(fù)相關(guān)（傾向互斥突變）應(yīng)該用下單尾檢驗(yàn)。 |
4樓2015-05-07 10:12:21
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