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再聽雨新蟲 (初入文壇)
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[求助]
厭氧氨氧化反應(yīng)器分子生物學(xué)鑒定 已有1人參與
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課題組培養(yǎng)了一個厭氧氨氧化反應(yīng)器，要做微生物種群結(jié)構(gòu)鑒定，把樣品寄給公司，他們說他們公司細菌16S測序的引物是： V3-V4區(qū) Nobar_341F（CCTACGGGNGGCWGCAG） Nobar_805R（GACTACHVGGGTATCTAATCC V1-V3區(qū) Nobar_Bac_V1F-27F AGAGTTTGATCMTGGCTCAG Nobar_Bac_V3R2-CAC GTATTACCGCGGCTGCTGGCAC V4-V5區(qū) ---- V3區(qū) ------ V4區(qū) Nobar_515F GTGCCAGCMGCCGCGGTAA Nobar_909R GACTACHVGGGTATCTAATCC 擴增古細菌我們這邊采用的是巢式PCR。兩輪引物： 第一輪是：340F：CCCTAYGGGGYGCASCAG 1000R：GGCCATGCACYWCYTCTC 第二輪是：349F：GYGCASCAGKCGMGAAW 806R：GGACTACVSGGGTATCTAAT 細菌方面，一般做V3-V4區(qū)的比較多，他們認為它有一個比較好的覆蓋度，如果客戶有根據(jù)文獻作出選擇，以客戶的選擇為主。 我不太清楚采用V3-V4區(qū)能否覆蓋里面主要的微生物厭氧氨氧化菌，哪位大神給個建議；如果我采用厭氧氨氧化菌的特征引物amx368f和amx820r，那么反應(yīng)器內(nèi)的其他細菌是不是還要用比如通用的引物來擴增 |
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maxiao1222
木蟲 (正式寫手)
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2樓2015-07-07 09:47:42
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3樓2015-08-07 21:37:38
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