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謎霧xiaoxiao木蟲(chóng) (小有名氣)
環(huán)境微生物苦逼研究生
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[求助]
請(qǐng)教rarefaction curves（稀疏曲線）所衡量的指標(biāo)，及代表的含義） 已有2人參與
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通過(guò)對(duì)16s rRNA測(cè)序，得到的有效序列進(jìn)行OTU的劃分，然后做了rarefaction curves（稀疏曲線），我想了解以下，這個(gè)稀疏曲線所衡量的指標(biāo)是什么，它有什么樣的意義！ 圖片1.jpg |
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【答案】應(yīng)助回帖
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謎霧xiaoxiao: 金幣+10, ★★★很有幫助 2015-05-13 10:28:24
謎霧xiaoxiao: 金幣+10, ★★★很有幫助 2015-05-13 10:28:24
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稀疏曲線(或者稀釋曲線)一般是從樣本中隨機(jī)抽取一定數(shù)量的個(gè)體，統(tǒng)計(jì)出這些個(gè)體所代表物種數(shù)目，并以個(gè)體數(shù)與物種數(shù)來(lái)構(gòu)建曲線。對(duì)于16S 做出的OTU 來(lái)畫(huà)稀釋曲線，橫軸一般是抽取的序列數(shù)，而縱軸則是這些序列數(shù)所代表的OTU數(shù)。 看這個(gè)圖一般看兩個(gè)方面： 1.比較不同樣本的物種豐富度。在抽取相同序列的條件下，OTU數(shù)越多說(shuō)明物種豐富度越高。比如當(dāng)你的取樣量為2萬(wàn)，M樣本OTU最多，則說(shuō)明M樣本中物種豐富度最高，也可以預(yù)測(cè)一下，M樣本中真實(shí)的物種豐富度也最高（取樣趨于無(wú)窮大時(shí)）。 2.說(shuō)明樣本的取樣大小是否合理。在稀釋性曲線圖中，當(dāng)曲線趨向平坦時(shí)，說(shuō)明取樣的數(shù)量合理，更多的取樣只會(huì)產(chǎn)生少量新的OTU，反之則表明繼續(xù)取樣還可能產(chǎn)生較多新的OTU。即可以得出樣品的取樣深度情況�？茨愕膱D在序列量達(dá)到2萬(wàn)時(shí)，這幾條線上升趨勢(shì)較弱，說(shuō)明取樣量是基本合理的。 |
2樓2015-05-12 17:29:06
3樓2015-05-12 21:05:25
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4樓2016-04-14 20:20:56
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