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xmgrace學(xué)習(xí)
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以前學(xué)MD，得到很多幫助，也許MD人共性：樂于分享 對于用慣linux下的人畫圖有點(diǎn)不方便，gnuplot雖然挺不錯(cuò)，但是不能直接在圖上操作，是它一大缺陷。簡單介紹一下grace xmgrace 可以直接用sudo apt—get install xmgrace 安裝;也可以下載軟件包 ：官網(wǎng) http://plasma-gate.weizmann.ac.il/Grace/ grace 和 xmgrace差不多，具體區(qū)別自己看網(wǎng)上。 幾個(gè)網(wǎng)址： Discussions討論區(qū) http://plasma-gate.weizmann.ac.i ... 95761e69142e08939d3 An Xmgrace Tutorial http://mintaka.sdsu.edu/reu/grace.tutorial.html#toc1 Grace Tutorials （個(gè)人覺得非常好的） http://plasma-gate.weizmann.ac.il/Grace/doc/Tutorial.html Grace/Xmgrace (Xmgr) http://math.nyu.edu/aml/software/xmgrace.html Grace User's Guide http://plasma-gate.weizmann.ac.il/Grace/doc/UsersGuide.html 以下說一下通郭學(xué)習(xí) Grace Tutorials 的總結(jié)，如有不對，請指正： 首先下載grace-5.1.25 Grace Tutorials 教程實(shí)例文件在grace-5.1.25/doc下面（Tutorial.pdf也在）。還有一些做好的圖例在grace-5.1.25/examples ，從那里可以看到grace也是挺強(qiáng)大的。 1 簡單畫圖，可以 在工作目錄下 打開終端，輸入 ” xmgrace file （文件名 一般引號里面為命令）“，如果多列數(shù)據(jù)，即X Y1 Y2...，可以“xmgrace -nxy file” 加上-nxy就可以了，多條曲線了。xmgace支持的格式很多xvg dat 很多文本格式。 2 也可以在終端“xmgrace ”不帶文件名，打開空白的xmgrace 再自己導(dǎo)入。點(diǎn)擊菜單 Data/Import/ASCII 在files下框框選擇文件 ：注意好像 只有后綴.dat才顯示。xvg 格式不顯示，自己改一下后綴就可以了，點(diǎn)一下OK就可以。 3 也可以自己用表格創(chuàng)建 ，在終端“xmgrace ”不帶文件名，打開空白的xmgrace ，點(diǎn)擊菜單Main:Edit/Data_sets... 窗口，在上面那空白的大框框，一直右擊按住出現(xiàn)菜單移動(dòng) （右擊還不要放開） 選creat new 選in spreadsheet（這里還有另外三個(gè)（如編寫公式輸入）自己摸索） 打開表格，就可以輸入x y 數(shù)值 。 4 先說保存，畫好了就保存片，F(xiàn)ile/print_setup 在device 選格式，我常選 png ，輸入想要的名字，點(diǎn)aceept 退出窗口，按一下ctrl + p 就保存了看看目錄是否有圖片文件 其實(shí)是File/print 就可以。。最好記住快捷鍵 5 剛才說道多列數(shù)據(jù)，如果想要第1 3列畫圖，咋辦，可以終端 xmgrace -block o9_o10_rdf01.dat（我的文件名） -bxy 1:3 其中-bxy 就是選 1 3列 也可以在-nxy打開多條曲線后，點(diǎn)擊圖上的曲線，出現(xiàn)set appearance 窗口 的select set 選中不要的數(shù)據(jù)列 長按右擊 選hide就可以了; 說到這里，說一下數(shù)據(jù)處理 看命令xmgrace -nosafe -nxy box.xvg -pexec "s0.y=(s0.y*s1.y)/64" -pexec "kill s1" -pexec "autoscale" 文件里三列數(shù)據(jù)，時(shí)間 盒子x大小 盒子y大小，計(jì)算膜表面的area prea lipid是x*y/64 怎么計(jì)算，就像上面那樣用 -pexec 輸入?yún)?shù)命令，就可以了。輸出的圖像就是 x軸是時(shí)間 y軸是apl。 更具體詳看教程。 6 還是再說一些多列數(shù)據(jù)的情況 ， Main  ata/Import/ASCII 選好dat文件后 在中間那里看到load as 了吧，點(diǎn)一下選block data ，后點(diǎn)ok 跳出來框框，x from column 自己選y from column，選好就可以。如果都選 1,會是什么圖像，猜一下，是45都直線y=x。 那里可以選偏差條，就是xydy 自己摸索了 7 說一下圖外觀設(shè)置（具體的坐標(biāo)軸文字大小、間距、范圍，圖片標(biāo)題，線條粗、細(xì)顏色等），可以雙擊相應(yīng)的地方（orange類似），（自己體會）也可以plot /plot appearance Legends 圖例--- 就是多條曲線時(shí)小框用不同顏色標(biāo)記出來 frame 畫出的圖的框框 ， tick label 就是坐標(biāo)的下面的 坐標(biāo)間隔標(biāo)度 1 2 3 4 5 6 tick mark 就是坐標(biāo)軸的 突起的刻度 如 1 頭上對應(yīng)軸有個(gè)突起 leg.box 在標(biāo)題窗口里面. 可以調(diào)整圖例的位置; 里面的location設(shè)置就可以了 axis placement 用處在 y 軸 坐標(biāo)在-1.5~1.5 范圍時(shí),坐標(biāo)軸若在y=-1.5 處 就去(zreo axis)點(diǎn)一下就可以了. 圖像的四個(gè)角可以拉大拉小的，如果不合適自己調(diào)， 如果有多條曲線，出現(xiàn)了圖例與曲線重疊了 可以試試下面方法： 拖動(dòng)圖例的方法,Ctrl-L +單擊 ,就可以使箭頭變手形,拖動(dòng)圖例了.如還不行,雙擊再試看可以了嗎. 也可以在appearance 更改。 記住在set appearance 要在窗口里面的select set 位置選相應(yīng)的s0 s1.... main標(biāo)簽下的Legend 就是圖例，你可以給每條曲線標(biāo)記不同名字以便區(qū)分。 還有說一下 畫布左邊的按鈕 ，就說一個(gè)AS代表恢復(fù)（圖片設(shè)置的外觀不變的，好）。所以你按鈕按錯(cuò)了，就點(diǎn)他就行了。 8 說一多圖并列的問題 有時(shí)候要一個(gè)畫布放多張圖， xmgrace 打開Main:Edit/Arrange_graphs.對話框框 填寫幾rows 幾 columns，點(diǎn)應(yīng)用 ，就出來四個(gè)坑了（假設(shè)2*2格式），具體外觀，可以在剛才的框框里繼續(xù)調(diào)節(jié)，點(diǎn)擊各個(gè)坑點(diǎn)擊向 步驟2那樣選好文件進(jìn)來就可以。具體其他調(diào)節(jié)參看前面的7步驟操作。 可以用命令輸入制作 ，加上指令就可以了 -pexec "arrange ( 2, 2, .1, .1,.1,ON,ON,ON)" 前面的連個(gè) 2 代表2 *2排列 加上-graph 更好，代表的是后面接的文件放在哪個(gè)位置，從0開始數(shù) xmgrace -graph 2 10_rdf.xvg -graph 1 11.dat -graph 0 rdf01.dat -graph 3 rdf.dat -pexec "arrange(2,2,.1,.1,.1,ON,ON,ON )" 9 內(nèi)嵌圖形。 說實(shí)話。xmgrace 做內(nèi)嵌圖像，我現(xiàn)在也沒太好方法，希望會的人能介紹一下。 有時(shí)候我們需要同一圖像兩條曲線，也就是雙y軸表示的量不同，如： 坐標(biāo)x表示時(shí)間 左邊y軸代表壓力 右邊y軸代表是溫度 打開Main:Edit/overlay_graphs 點(diǎn)中在overlay graph 的G0 右擊 選creat new，出現(xiàn)了另一個(gè)空數(shù)據(jù)集。然后overlay graph和on to 反正同連個(gè)數(shù)據(jù)集就可以 點(diǎn)同意，就兩個(gè)圖的， 看是一個(gè)，自己點(diǎn)一下四周點(diǎn)移動(dòng)，就看見了。然后一個(gè)一個(gè)添加數(shù)據(jù)了。剛才說了內(nèi)嵌圖形還記得嗎，這里也可以把其中一個(gè)圖拉小移動(dòng)做為一個(gè)內(nèi)嵌圖。具體靠自己去實(shí)踐了。 10 數(shù)據(jù)的擬合 （實(shí)例有自己去學(xué)） data /tramsformation 就這些了吧。 |
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19樓2019-11-14 17:37:22
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20樓2020-01-02 11:15:42
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23樓2020-01-08 10:45:39
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24樓2020-01-09 14:42:40
25樓2020-08-18 15:52:31
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dmbb2樓
2015-05-09 15:28
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2015-05-09 15:35
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2015-05-09 15:37
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yumoym5樓
2015-05-09 15:37
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mtw9227樓
2015-05-09 15:39
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2015-05-09 15:50
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syhorchid12樓
2015-05-09 16:12
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miaowangen13樓
2015-05-09 18:40
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十年磨練14樓
2015-05-11 17:18
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sb778812016樓
2016-03-11 13:25
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