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Ace_xt銅蟲 (初入文壇)
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表面摩擦做平衡的若干問題 已有1人參與
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本人最近在用LAMMPS做摩擦，模型為z方向上下兩個(gè)表面，x、y、z方向都賦予周期性邊界條件，中間加水。我想在上下表面分別沿x軸正負(fù)方向運(yùn)動(dòng)的同時(shí)能在z方向做npt，使盒子在z方向有一定的伸縮以保證中間用于摩擦的水的壓強(qiáng)不變。但是在做平衡時(shí)，賦予所有原子初速度并在z方向npt，為上下表面賦予定時(shí)位移后模型沒能正常運(yùn)動(dòng)。請問可能是什么原因？另外腳本有無其它問題？下面是我做平衡的腳本，新手上路，請大家多多批評(píng)指正！ ########################## # Initialization #------------------------- boundary p p p units real #------------------------------ # Force field specifications #------------------------------ atom_style full bond_style harmonic angle_style charmm dihedral_style charmm pair_style lj/charmm/coul/charmm 10 12 pair_modify mix arithmetic neigh_modify every 2 delay 10 check yes special_bonds charmm #---------------- # Read geometry #---------------- read_data solved_d10.data #--------------------- # Define Groups #--------------------- group water type 1 10 group wato type 10 group allsulfur type 7 group uppersurf molecule <> 49 96 group lowersurf molecule <> 1 48 group uppersulfur intersect allsulfur uppersurf group lowersulfur intersect allsulfur lowersurf group uppernosulfur subtract uppersurf uppersulfur group lowernosulfur subtract lowersurf lowersulfur group pControl union lowernosulfur uppernosulfur water group twosurfs union lowersurf uppersurf #--------------------- # Fix all sulfur atoms #--------------------- fix fixsulfur allsulfur setforce 0.0 0.0 0.0 #-------------- # Minimization #-------------- min_style sd minimize 0.0 1.0e-8 1000 100000 #----------------------- # Initialize velocities #----------------------- velocity all create 10.0 4928459 rot yes mom yes dist gaussian #--------------------- # Shake all H atoms #--------------------- fix shakeH all shake 0.0001 20 0 m 1.0 a 11 #--------------------- ## Set Shear Velocity ##--------------------- variable xu equal vdisplace(0.0,0.0001) variable xl equal vdisplace(0.0,-0.0001) fix vu uppersurf move variable v_xu NULL NULL NULL NULL NULL fix vl lowersurf move variable v_xl NULL NULL NULL NULL NULL #-------------------------------- # Define the integration method #-------------------------------- fix 1 all npt temp 10.0 300.0 100.0 z 1.0 1.0 1000.0 #------------------------------- # Customize output infomration #------------------------------- thermo 10000 thermo_style multi dump mydump all atom 10000 trjequil.lammpstrj restart 500000 res.equil 附件中是模型視圖 |
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Ace_xt3樓2015-05-21 15:23:24
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7樓2017-03-13 13:12:55
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