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北京石油化工學(xué)院2026年研究生招生接收調(diào)劑公告

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巨蟹水蜜桃

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[求助] VASP計(jì)算時(shí)需要考慮范德華力，我的體系有鉈元素,對(duì)應(yīng)的VDW_C6= 和VDW_R0=值是多少急求已有2人參與

VASP計(jì)算時(shí)需要考慮范德華力，我的體系有鉈元素，對(duì)應(yīng)的LVDW=.TRUE.
VDW_RADIUS=30.0
VDW_SCALING=0.75
VDW_D=20.0
VDW_C6= 和
VDW_R0=值是多少？急求，謝謝!!!!!!

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1樓 2015-05-20 15:31:22

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awdawdawdd

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引用回帖:

14樓: Originally posted by 微6涼 at 2015-07-28 11:34:50
請(qǐng)問pt的這些值是什么呢？希望能給與幫助...

用我前面說的方法做就可以了吧。。。。
其實(shí)我發(fā)現(xiàn)新版VASP里面集成了后面那些元素的值了，你可以看看源代碼里面有(vdwforcefield.F)：

1234 FORMAT(/," DFT-D2 method for vdW energy calculation",&
/," -------------------------------------------------------------------"

  1235 FORMAT(/,"  Parameters of vdW forcefield:",&
            /,"       C6(Jnm^6/mol)    R0(A)",&
            /," -----------------------------"

  1236 FORMAT(" ",A2,5X,F7.3,8X,F7.3)
  2250 FORMAT(/,"  IVDW = ",I3)
  1237 FORMAT("  VDW_RADIUS = ",F9.3," A"

  1233 FORMAT("  VDW_S6 = ",F9.3)
  1241 FORMAT("  VDW_SR = ",F9.3)
  1240 FORMAT("  VDW_D = ",F9.3)
  2246 FORMAT("  LVDW_EWALD = ",L1)


      if (historycounter==1) then
         ALLOCATE(cc_(T_INFO%NTYP),r0_(T_INFO%NTYP))
         tags=(/'H ','He','Li','Be','B ','C ','N ','O ','F ','Ne',&
               'Na','Mg','Al','Si','P ','S ','Cl','Ar','K ','Ca',&
               'Sc','Ti','V ','Cr','Mn','Fe','Co','Ni','Cu','Zn',&
               'Ga','Ge','As','Se','Br','Kr','Rb','Sr',&
               'Y ','Zr','Nb','Mo','Tc','Ru','Rh','Pd','Ag','Cd',&
               'In','Sn','Sb','Te','I ','Xe','X ', &
               'Cs','Ba','La','Ce','Pr','Nd','Pm',&
               'Sm','Eu','Gd',&
               'Tb','Dy','Ho','Er','Tm','Yb','Lu',&
               'Hf','Ta','W ','Re','Os','Ir','Pt','Au','Hg',&
               'Tl','Pb','Bi','Po','At','Rn'/)

         cc=(/0.14,0.08,1.61,1.61,3.13,1.75,1.23,0.70,0.75,0.63,&
               5.71,5.71,10.79,9.23,7.84,5.57,5.07,4.61,10.8,10.8,&
               10.8,10.8,10.8,10.8,10.8,10.8,10.8,10.8,10.8,10.8,&
               16.99,17.10,16.37,12.64,12.47,12.01,24.67,24.67,&
               24.67,24.67,24.67,24.67,24.67,24.67,24.67,24.67,24.67,24.67,&
               37.32,38.71,38.44,31.74,31.50,29.99,29.99, &
               315.275,226.994,176.252,140.68,140.68,140.68,140.68,&
               140.68,140.68,140.68, &
               140.68,140.68,140.68,140.68,140.68,140.68,140.68, &
               105.112,81.24,81.24,81.24,81.24,81.24,81.24,81.24,57.364,&
               57.254,63.162,63.540,55.283,57.171,56.64/)
         r0=(/1.001,1.012,0.825,1.408,1.485,1.452,1.397,1.342,1.287,1.243,&
               1.144,1.364,1.639,1.716,1.705,1.683,1.639,1.595,1.485,1.474,&
               1.562,1.562,1.562,1.562,1.562,1.562,1.562,1.562,1.562,1.562,&
               1.650,1.727,1.760,1.771,1.749,1.727,1.628,1.606,&
               1.639,1.639,1.639,1.639,1.639,1.639,1.639,1.639,1.639,1.639,&
               1.672,1.804,1.881,1.892,1.892,1.881,1.881,&
               1.802,1.762,1.720,1.753,1.753,1.753,1.753,&
               1.753,1.753,1.753,&
               1.753,1.753,1.753,1.753,1.753,1.753,1.753,&
               1.788,1.772,1.772,1.772,1.772,1.772,1.772,1.772,1.758,&
               1.989,1.944,1.898,2.005,1.991,1.924/)

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15樓2015-07-28 12:32:19

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qlihytc

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【答案】應(yīng)助回帖

感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1

VASP manual 里面應(yīng)該有個(gè)表格，表格里面沒有就到原始文獻(xiàn)（手冊(cè)上就有文獻(xiàn)信心）看看有沒有，原始文獻(xiàn)也沒有的話就沒有了。但是5.3以上貌似增加了D3

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2樓2015-05-20 15:37:20

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awdawdawdd

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引用回帖:

10樓: Originally posted by 巨蟹水蜜桃 at 2015-05-21 16:39:43
@awdawdawdd應(yīng)助我的Tl的范德華力參數(shù)C6=57.22 R0=1.986值跟你所說的vasp5.3.5里邊的值一樣嗎...

http://www.thch.uni-bonn.de/tc/i ... mp;amp;lang=english
網(wǎng)頁中點(diǎn)擊：
Tarball of the current versions of the code and coefficient file (V3.1 Rev 0 )
可以下載到DFT-D3 的 source code
解壓縮以后，編譯可以得到dftd3的binary
然后把你要計(jì)算的POSCAR拷過來，運(yùn)行 dftd3 POSCAR -pbc -func pbe -old （相關(guān)參數(shù)設(shè)置見http://www.thch.uni-bonn.de/tc/downloads/DFT-D3/data/man.pdf 最后幾頁有寫,-pbc是指使用POSCAR的結(jié)構(gòu)文件，-func pbe指你使用PBE的functional，-old指切換到DFT-D2的模式）

然后可以得到C6和R0，但是貌似單位有些許問題，你可以對(duì)照http://cms.mpi.univie.ac.at/vasp/vasp/DFT_D2_method_Grimme.html 里提供的表格矯正以下單位，例如：
程序給出H的C6=2.43，然而網(wǎng)頁上是C6_H=0.14，程序給出的Tl是993.09，網(wǎng)頁沒有給出相關(guān)數(shù)值，于是C6_Tl=(0.14/2.43)*993.09=57.22
R0用類似的方法計(jì)算即可。注意一下，C6最好用上面Z=xx那里的數(shù)值，因?yàn)橄旅娴谋砀駜?nèi)的只有一位小數(shù)，可能計(jì)算出來有誤差

單位是怎么變的，我也沒搞清楚，但用這種辦法進(jìn)行校正的話是可以給出正確數(shù)值的，我測(cè)試過H,C,N 都給出了網(wǎng)頁上的正確數(shù)值

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11樓2015-05-21 21:57:47

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limurphy

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11樓: Originally posted by awdawdawdd at 2015-05-21 21:57:47
http://www.thch.uni-bonn.de/tc/index.php?section=downloads&subsection=getd3&lang=english
網(wǎng)頁中點(diǎn)擊：
Tarball of the current versions of the code and coefficient file (V3.1 Rev 0 )
可以下 ...

我在網(wǎng)上查到, 發(fā)現(xiàn)DFT-D3的單位是atomic unit, 所以長(zhǎng)度是Bohr, 能量是Hartree.

DFT-D3給的C6單位是Hartree*Bohr, 而VASP網(wǎng)站上的C6單位是(J/mol)*(nm)^6
1 Hartree = 2625499.39949012 J/mol
1 Bohr = 0.052917725 nm
所以 1 Hartree*Bohr = 0.0576526021 (J/mol)*(nm)^6

而以 Tl為例, C6的單位轉(zhuǎn)換為 993.09*0.0576526021 = 57.2542226 (J/mol)*(nm)^6

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18樓2015-12-03 07:08:23

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2樓: Originally posted by qlihytc at 2015-05-20 15:37:20
VASP manual 里面應(yīng)該有個(gè)表格，表格里面沒有就到原始文獻(xiàn)（手冊(cè)上就有文獻(xiàn)信心）看看有沒有，原始文獻(xiàn)也沒有的話就沒有了。但是5.3以上貌似增加了D3

我沒有找到啊

你可以幫我找一下嗎？謝謝

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3樓2015-05-20 21:02:37

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【答案】應(yīng)助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
巨蟹水蜜桃: 金幣+15, ★★★很有幫助 2015-05-21 09:15:54

Tl
C6=57.22
R0=1.986

ref:
http://www.thch.uni-bonn.de/tc/i ... mp;amp;lang=english
http://www.thch.uni-bonn.de/tc/downloads/DFT-D3/data/man.pdf
http://cms.mpi.univie.ac.at/vasp/vasp/DFT_D2_method_Grimme.html

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4樓2015-05-20 23:29:08

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4樓: Originally posted by awdawdawdd at 2015-05-20 23:29:08
Tl
C6=57.22
R0=1.986

ref:
http://www.thch.uni-bonn.de/tc/index.php?section=downloads&subsection=getd3&lang=english
http://www.thch.uni-bonn.de/tc/downloads/DFT-D3/data/man.pdf
http:// ...

我打開看了鏈接，也沒有找到Tl的范德華力參數(shù)

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5樓2015-05-21 09:22:24

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yuraining

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用vasp5.3.5，自帶vdw-dft-d3，里面所有的元素vdw參數(shù)默認(rèn)都有。

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6樓2015-05-21 11:50:25

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6樓: Originally posted by yuraining at 2015-05-21 11:50:25
用vasp5.3.5，自帶vdw-dft-d3，里面所有的元素vdw參數(shù)默認(rèn)都有。

沒有用過，你可以幫我截個(gè)圖發(fā)過來嗎？謝謝O(∩_∩)O謝謝

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7樓2015-05-21 13:47:32

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7樓: Originally posted by 巨蟹水蜜桃 at 2015-05-21 13:47:32
沒有用過，你可以幫我截個(gè)圖發(fā)過來嗎？謝謝O(∩_∩)O謝謝...

不需要設(shè)置那些數(shù)值，只需要INCAR里面IVDW= 11
http://cms.mpi.univie.ac.at/vasp/vasp/DFT_D3_method.html

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8樓2015-05-21 15:12:07

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8樓: Originally posted by yuraining at 2015-05-21 15:12:07
不需要設(shè)置那些數(shù)值，只需要INCAR里面IVDW= 11
http://cms.mpi.univie.ac.at/vasp/vasp/DFT_D3_method.html...

我們使用的是vasp5.2，你給我發(fā)的鏈接我找不到啊。

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9樓2015-05-21 16:33:47

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9樓: Originally posted by 巨蟹水蜜桃 at 2015-05-21 16:33:47
我們使用的是vasp5.2，你給我發(fā)的鏈接我找不到啊。...

@awdawdawdd應(yīng)助我的Tl的范德華力參數(shù)C6=57.22 R0=1.986值跟你所說的vasp5.3.5里邊的值一樣嗎

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10樓2015-05-21 16:39:43

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