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水靜花閑木蟲 (初入文壇)
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[求助]
Gromacs聚類分析中為什么RMSD相同卻仍會被分成兩類？
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一直理解的聚類分析是純粹根據(jù)RMSD數(shù)值對類別進行劃分的，但最近在對一個體系進行聚類分析時，發(fā)現(xiàn)有兩類RMSD完全相同，卻仍被分成了兩類，不明白為什么？如果聚類分析時還會參照其他因素的話，那么參照的又是什么？究竟什么樣的結(jié)構(gòu)才算是“一類”？ 聚類分析命令：g_cluster -f nojump.xtc -s md.tpr -n m.ndx -b 1200 -e 3200 -dt 1 -tu ns -g g.log -sz sz.xvg 以下是聚類分析中部分.log文件內(nèi)容： cl. | #st rmsd | middle rmsd | cluster members 643 | 303 0.129 | 2607 .106 | 2558 2559 2560 2561 2562 2563 2565 | | | 2566 2567 2569 2570 2571 2572 2573 | | | 2574 2575 2576 2577 2578 2580 2581 | | | 2582 2583 2584 2585 2586 2587 2588 650 | 209 0.127 | 2979 .106 | 2867 2868 2869 2870 2871 2872 2873 | | | 2874 2875 2876 2877 2878 2879 2880 | | | 2881 2882 2883 2884 2885 2886 2887 | | | 2888 2889 2890 2891 2892 2893 2894 | | | 2895 2896 2897 2898 2899 2900 2901 |
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