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陳連福NGS生物信息分析 2015暑期培訓(xùn)班招生簡章
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陳連福NGS生物信息分析 2015暑期培訓(xùn)班招生簡章 我是陳連福，華中農(nóng)業(yè)大學(xué)博士研究生，研究方向是基因組分析。2005年步入生物技術(shù)專業(yè)，2010年接觸生物信息學(xué)，到現(xiàn)在有4~5年的生物信息學(xué)經(jīng)歷了。 生物信息學(xué)包括的方面很廣，其中高通量測序與分析是當前最熱門的一類。現(xiàn)階段的科研任務(wù)對高通量測序分析方面的需求量極大并保持快速增長。從大局上看：1. 測序技術(shù)非常成熟，我們能在一個月內(nèi)以非常低廉的價格拿到非常好的測序結(jié)果；2. 高通量數(shù)據(jù)分析技術(shù)也非常成熟，我們幾乎能找到可以滿足我們?nèi)魏紊飳W(xué)需求的分析軟件。但是：1. 絕大部分高通量測序數(shù)據(jù)的分析軟件需要在命令行下運行，這導(dǎo)致軟件的學(xué)習(xí)門檻較高；2. 很多軟件的正確使必須得有相應(yīng)的生物學(xué)知識來指導(dǎo)，否則一些參數(shù)設(shè)置錯誤會到導(dǎo)致結(jié)果不準確，這導(dǎo)致軟件的學(xué)習(xí)難度大； 3. 從軟件的分析結(jié)果到用于發(fā)表文章的圖表結(jié)果常常需要自行編寫程序來解決；4. 一個生物信息項目一般需要分解成很過的分析步驟，由很多不同的生物信息學(xué)軟件來分析。因此，生物信息學(xué)是一個很難并很有市場的學(xué)科。 由于生物信息學(xué)是一門新興學(xué)科，生物信息分析軟件種類繁多，同時具體的分析流程與方法較為缺乏。想要學(xué)習(xí)生物信息學(xué)的人員，大都需要自行摸索，很難找到合適的人員進行指導(dǎo)。有感于此，我將我的一些生物信息分析經(jīng)驗記錄下來，形成了一本培訓(xùn)教材。主要包含各種生物信息學(xué)軟件的具體使用方法。 我從2013年暑期第一期培訓(xùn)班起，在寒暑假陸續(xù)開班了數(shù)期培訓(xùn)班，反響非常好。通過培訓(xùn)班的集訓(xùn)學(xué)習(xí)，能少走彎路，將我多年的生物信息學(xué)經(jīng)驗在短時間內(nèi)掌握，最后能熟練使用Linux系統(tǒng)，掌握各種生物信息學(xué)軟件的使用原理和方法。 2015年暑期，我準備開辦第四期培訓(xùn)班，以下是培訓(xùn)班介紹： 1. 培訓(xùn)規(guī)模 每次培訓(xùn)班成員數(shù)目<=30人。小班授課，手把手教會。 2. 報名方式 推薦淘寶拍下：http://item.taobao.com/item.htm?id=44989123045，在備注中填寫上姓名，單位，聯(lián)系電話。此外，也接受現(xiàn)金報名，直接聯(lián)系陳連福，到其辦公室繳費即可。 報名情況，可以電話詢問陳連福本人：15337113306，也可以查詢網(wǎng)址： http://www.chenlianfu.com/xueyuan 3. 培訓(xùn)時間與地點 培訓(xùn)地點：華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 培訓(xùn)時間：初步準備辦 1～3 期培訓(xùn)，第一期 7.14～7.24； 第二期 7.26～8.5； 第三期 8.7～8.17 。舉辦的期數(shù)根據(jù)報名人員人數(shù)決定：最先報名的 30 人優(yōu)先排第 1 期并可選擇是否排第 2 期；后報名以此拍后面的期數(shù)；若報名人數(shù)較少或其它因素，則可能取消第 2，3 期，并全額退還學(xué)費。 4. 培訓(xùn)內(nèi)容 參考陳連福編寫的《NGS生物信息分析》。當然，本次培訓(xùn)的教材會更新不少內(nèi)容的哦。 5. 培訓(xùn)收費 本次培訓(xùn)收費共 ￥1600.00元，住宿與交通費用自理，并無法開具發(fā)票（需要自行解決）。培訓(xùn)前會分發(fā)培訓(xùn)教材一本，培訓(xùn)用16G U盤一個，和適用于LINUX系統(tǒng)的無線網(wǎng)卡一枚。 推薦在華中農(nóng)業(yè)大學(xué)繼續(xù)教育學(xué)院旅店住宿。該旅店屬于學(xué)校，離培訓(xùn)地點最近，住宿費用約180元/天。旅店房間由學(xué)生宿舍改建而成，有空調(diào)，電視機，都是雙人間。推薦2人合住。 6. 培訓(xùn)方式 培訓(xùn)課全程上機操作，自帶筆記本從安裝Linux系統(tǒng)開始學(xué)習(xí)，手把手教會各種生物信息學(xué)軟件的使用。 7. 培訓(xùn)內(nèi)容 目錄 1. 安裝CENOS 6 64位系統(tǒng) (X86_64) 1.1. 本次生物信息學(xué)培訓(xùn)的電腦硬件和軟件要求 1.2. 下載CENOS系統(tǒng) 1.3. 將CENTOS系統(tǒng)刻錄到DVD光盤上 1.4. 將CENTOS系統(tǒng)刻錄到U盤上 1.5. 安裝CENTOS系統(tǒng) 2. LINUX系統(tǒng)入門 2.1. LINUX與生物信息學(xué) 2.2. LINUX常用命令 2.3. CENTOS系統(tǒng)初裝整理 3. 高通量測序技術(shù)簡介 3.1. ROCHE/454測序技術(shù) 3.2. ILLUMINA測序技術(shù) 3.3. PACBIO測序技術(shù) 4. 高通量測序數(shù)據(jù)的質(zhì)量控制 4.1. 高通量測序數(shù)據(jù)文件與格式 4.2. ROCHE/454測序數(shù)據(jù)的質(zhì)量控制 4.3. ILLUMINA測序數(shù)據(jù)的質(zhì)量控制 4.4. PACBIO測序數(shù)據(jù)的質(zhì)量控制 5. 基因組DE NOVO組裝 5.1. 基因組DE NOVO組裝原理 5.2. 使用GCE進行基因組評估 5.3. 使用NEWBLER進行基因組DE NOVO 組裝 5.4. 使用SOAPDENOVO進行基因組DE NOVO組裝 5.4. 使用ALLPATHS-LG進行基因組DE NOVO組裝 5.5. 使用MASURCA進行基因組DE NOVO組裝 5.6. 使用HGAP進行基因組DE NOVO組裝 5.7. 基因組補洞 5.8. 基因組SCAFFOLD連接 5.9. 有參考基因組的基因組組裝 6. 基因組的簡單特征分析 6.1. 基因組的序列信息統(tǒng)計 6.2. 重復(fù)序列分析 6.3. SSR分析與引物批量設(shè)計 6.4. 非編碼RNA分析 6.5. 次級代謝基因簇分析 7. 高通量測序數(shù)據(jù)比對 7.1. SAM格式介紹 7.2. 使用BOWTIE2進行比對 7.3. 使用BWA比對 7.4. 使用HISAT比對 7.5. 使用TOPHAT比對 7.6. 使用SAMTOOLS操作SAM文件 7.7. 使用PICARD操作SAM文件 8. VARIANTS 分析 8.1. VCF格式介紹 8.2. 使用GATK進行VARIANTS CALLING 8.3. 使用SAMTOOLS進行VARIANTS CALLING 8.4. 結(jié)合GATK和SAMTOOLS進行VARIANTS CALLING 9. 無參考基因組的轉(zhuǎn)錄組分析 9.1. 使用TRINITY進行轉(zhuǎn)錄組的DE NOVO組裝 9.2. 差異表達分析 9.3. 使用TRANSDECODER預(yù)測蛋白編碼區(qū) 10. 有參考基因組的轉(zhuǎn)錄組分析 10.1. 使用TRINITY進行有基因組指導(dǎo)的組裝 10.2. 使用CUFFLINKS進行有參考基因組的基因表達分析 11. 真核生物基因組基因預(yù)測 11.1. GFF3格式介紹 11.2. 使用PASA進行基因預(yù)測 11.3. 使用AUGUSTUS進行基因預(yù)測 11.4. 使用SNAP進行基因預(yù)測 11.5. 使用GENEMARK-ES進行基因預(yù)測 11.6. 使用MAKER進行基因預(yù)測 11.7. 使用EVM整合基因預(yù)測結(jié)果 11.8. 使用PASA更新基因預(yù)測結(jié)果 11.9. 使用SPLICEGRAPHER進行可變剪接分析 12. 基因組的可視化 12.1. CIRCOS圈圖制作 12.2. GBROWSE網(wǎng)頁化展示 12.3. JBROWSE網(wǎng)頁化展示 12.4. 使用WEBAPOLLO進行手工修正 13. 原核生物基因組上傳NCBI與注釋 14. 基因功能注釋與富集分析 14.1. NR注釋 14.2. SWISS-PROT注釋 14.3. COG / KOG注釋 14.4. CDD注釋 14.5. INTERPRO注釋 14.6. GO注釋和富集分析 14.7. KEGG注釋和PATHWAY富集分析 14.8. CAZYME注釋 16. 比較基因組分析 16.1. 使用ORTHOMCL進行同源基因分析 16.2. 構(gòu)建物種樹 16.3. 使用R8S進行分子鐘分析 16.4. 使用CAFE進行基因家族擴張分析 16.5. 使用MCSCAN進行共線性區(qū)塊分析 16.6. 使用MUMMER對兩個基因組進行比較 16.7. 使用MAUVE進行多基因組比較 17. 生物信息學(xué)相關(guān)雜技 17.1. PERL入門 17.2. MYSQL的簡單運用 17.3. 簡易搭建WWW服務(wù)器 17.4. 簡易HTML網(wǎng)頁制作 [ Last edited by lying_dragon on 2015-6-10 at 12:45 ] |
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[考研] 一志愿哈工大材料324分求調(diào)劑 +5 | 閆旭東 2026-03-14 | 5/250 |
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