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yangyu77新蟲 (初入文壇)
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[求助]
數(shù)字表達譜 已有2人參與
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在諾和之源做了數(shù)字表達譜，回來的數(shù)據(jù)有一項是rna-seq整體質(zhì)量評估，搞得我一頭霧水，就發(fā)郵件問他們的技術(shù)人員，解釋是rna-seq只表示rna測序的意思，不是指轉(zhuǎn)錄組，是這樣的嗎？ 并且還被告知，數(shù)字表達譜文庫構(gòu)建流程和轉(zhuǎn)錄組文庫構(gòu)建流程是一樣的，圖片左邊沒見過，右邊是數(shù)字表達譜文庫構(gòu)建流程。 DGE文庫構(gòu)建不應(yīng)該是：提取樣品總RNA并富集mRNA，將其反轉(zhuǎn)錄成cDNA，用NlaIII限制性內(nèi)切酶識別并切斷cDNA上的CATG位點，在5’端連接上Solexa測序接頭A，再用MmeI限制性內(nèi)切酶切斷CATG位點下游17 bp處，得到帶有接頭A的標(biāo)簽，然后在標(biāo)簽3’端連接Solexa測序接頭B，從而得到兩端連有不同接頭序列的21 bp的標(biāo)簽文庫。那應(yīng)該是左邊的圖吧？ 而轉(zhuǎn)錄組是，樣品提取總RNA后，對于真核生物富集mRNA，對于原核生物用試劑盒去除rRNA，之后向得到的mRNA中加入fragmentation buffer使其打斷成為短片段，再以打斷后的mRNA為模板，用六堿基隨機引物合成cDNA第一鏈，并加入緩沖液、dNTP、RNase H和DNA聚合酶合成cDNA第二鏈，純化并加EB緩沖液洗脫，經(jīng)末端修復(fù)、加堿基A，加測序接頭，再經(jīng)瓊脂糖凝膠電泳回收目的大小片段，并進行PCR擴增，從而完成整個文庫制備工作。右邊的圖？ 在一篇論文里，解釋說這兩個圖是數(shù)字表達譜文庫構(gòu)建流程的兩種類型，一頭霧水，請大神們解釋~~ 圖片1.png |
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liuderong
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【答案】應(yīng)助回帖
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yangyu77: 金幣+1 2015-06-12 13:50:47
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轉(zhuǎn)錄組廣義上指某一生理條件下，細胞內(nèi)所有轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物的集合，包括信使RNA、核糖體RNA、轉(zhuǎn)運RNA及非編碼RNA;狹義上指所有mRNA的集合。 DGE測序測的是轉(zhuǎn)錄組的一部分。 不同的測序儀能測的DNA長度不一樣，具體那種儀器能測多長我也忘記了，只記得有些儀器是只能測幾十bp，有的能測一兩百bp。 你貼出的兩個圖都是測mRNA的，屬于轉(zhuǎn)錄組的一部分，但不是全部轉(zhuǎn)錄組。 |
2樓2015-06-10 21:37:48
yangyu77
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3樓2015-06-15 13:38:16
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4樓2015-06-15 16:01:39
lashao
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6樓2015-08-24 15:43:43
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