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The genome context of the ect genes was explored to identify proteins that are functionally associated with thesynthesisof ectoines;thespecialized aspartokinaseAsk_Ect and theregulatory protein EctR. This comprehensive in silico analysis was coupled with the biochemical characterization of ectoine hydroxylases from microorganisms that can colonize habitats with extremes in salinity (Halomonas elongata), pH (Alkalilimnicola ehrlichii,Acidiphilium cryptum), or temperature (Sphingopyxis alaskensis, Paenibacillus lautus) or that produce hydroxyectoine very efficiently over ectoine (Pseudomonasstutzeri).These six ectoine hydroxylasesall possesssimilar kinetic parametersfor their substrates but exhibit different temperature stabilities and differ in their tolerance to salts. We also report the crystal structure of the Virgibacillus salexigens EctD protein in its apo-form, thereby revealing that the iron-free structure exists already in a pre-set configuration to incorporate the iron catalyst. Collectively, our work definesthe taxonomic distribution and salient biochemical properties of the ectoine hydroxylase protein family and contributes to the understanding of its structure. |
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baoshanqiu
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愛與雨下: 金幣+1 2015-06-11 06:51:21
bxzc123: 金幣+50, 翻譯EPI+1, ★★★很有幫助 2015-06-11 10:40:57
愛與雨下: 金幣+1 2015-06-11 06:51:21
bxzc123: 金幣+50, 翻譯EPI+1, ★★★很有幫助 2015-06-11 10:40:57
| 為了找出與合成四氫嘧啶功能相關(guān)的蛋白質(zhì)，作者對表基因的基因組前后，特別是天冬氨酸激酶Ask_Ect及其調(diào)節(jié)蛋白 EctR進行了研究。綜合的計算機模擬分析與四氫嘧啶羥化酶的生化特性相結(jié)合。這些酶來自于能定植于極端鹽（長鹵単胞菌）、pH(埃里希氏堿湖沼菌、隱藏嗜酸菌）、或溫度（阿拉斯加鞘氨醇単胞菌，燦爛芽孢樣桿菌）生境，或能很有效地利用四氫嘧啶產(chǎn)生羥化四氫嘧啶（施氏假單胞菌）的微生物。這六種四氫嘧啶羥化酶對其底物都有相似的動力學(xué)參數(shù)，它們對溫度的穩(wěn)定性和對鹽的耐受性不同。我們也報告需鹽枝芽孢桿菌EctD 脫輔基蛋白的晶體結(jié)構(gòu)，進而說明無鐵結(jié)構(gòu)已存在于引入鐵離子催化劑之前的結(jié)構(gòu)中�？傊�，我們的研究確定了四氫嘧啶羥化酶在分類學(xué)上的分布和突出的生化特性，并對其結(jié)構(gòu)的理解做出了貢獻。 |
2樓2015-06-11 05:16:17
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