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lammps進(jìn)行分子動(dòng)力學(xué)模擬之前是不是一定要進(jìn)行結(jié)構(gòu)優(yōu)化？ 已有1人參與
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本人是菜鳥，還沒入分子動(dòng)力學(xué)模擬的門，摸索很久，依然在門外徘徊。 有好些個(gè)問題請教大家， 1)是不是用lammps進(jìn)行計(jì)算之前一定要對結(jié)構(gòu)進(jìn)行優(yōu)化？ 2)lammps自身是否可以對于結(jié)構(gòu)優(yōu)化？ 3)如果lammps不能進(jìn)行優(yōu)化，推薦一下進(jìn)行結(jié)構(gòu)優(yōu)化的軟件？linux系統(tǒng)與window系統(tǒng)，哪些軟件更適合？ 4)gaussian 03在win7系統(tǒng)計(jì)算時(shí)，離子液體的陽離子總是算著算著就出現(xiàn)2070錯(cuò)誤（換過其他的基組與函數(shù)方法），而較小的陰離子計(jì)算正常 。有沒有高手告訴遇到過同樣問題，如何解決的？ 5)gaussian 09在linux系統(tǒng)安裝時(shí)，總是無法正常安裝。按照某一個(gè)教程，發(fā)現(xiàn)解壓之后的文件包里沒有configure文件，所以無法進(jìn)行下一步。高手們是如何克服的？ 求各位踴躍發(fā)言，感激不盡�。�！ |
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abinitio
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【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
xulisky: 金幣+25, ★★★很有幫助 2015-06-16 22:55:10
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
xulisky: 金幣+25, ★★★很有幫助 2015-06-16 22:55:10
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逐條回答一下，不一定正確，拋磚引玉 1)是不是用lammps進(jìn)行計(jì)算之前一定要對結(jié)構(gòu)進(jìn)行優(yōu)化？ A: 看你是什么目的了，如果最終要得到液態(tài)之類的，不需要優(yōu)化，馳譽(yù)時(shí)間長點(diǎn)就好了。 2)lammps自身是否可以對于結(jié)構(gòu)優(yōu)化？ A: 可以，基于勢的最穩(wěn)態(tài)結(jié)構(gòu) 3)如果lammps不能進(jìn)行優(yōu)化，推薦一下進(jìn)行結(jié)構(gòu)優(yōu)化的軟件？linux系統(tǒng)與window系統(tǒng)，哪些軟件更適合？ A: 我認(rèn)為能，所以不存在這個(gè)問題。另外，結(jié)構(gòu)優(yōu)化好象更側(cè)重于用第一性原理計(jì)算的吧，優(yōu)化一下結(jié)構(gòu)，然后算能帶之類的。 4)gaussian 03在win7系統(tǒng)計(jì)算時(shí)，離子液體的陽離子總是算著算著就出現(xiàn)2070錯(cuò)誤（換過其他的基組與函數(shù)方法），而較小的陰離子計(jì)算正常 。有沒有高手告訴遇到過同樣問題，如何解決的？ A: 不懂 5)gaussian 09在linux系統(tǒng)安裝時(shí)，總是無法正常安裝。按照某一個(gè)教程，發(fā)現(xiàn)解壓之后的文件包里沒有configure文件，所以無法進(jìn)行下一步。高手們是如何克服的？ A:同上。 樓主是做高斯的？量子化學(xué)，與lammps有點(diǎn)遠(yuǎn)吧。  好運(yùn)  |
2樓2015-06-16 09:26:01
3樓2015-06-16 22:56:04
abinitio
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4樓2015-06-17 08:38:00
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5樓2015-06-17 08:38:25
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