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jianchuanliu金蟲 (初入文壇)
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[求助]
關于gromacs計算空間分布函數sdf的問題 已有1人參與
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最近計算sdf，剛剛接觸。按照教程，先建立索引文件。然后用 1. trjconv -s topol.tpr -f traj.xtc -o noPBC.xtc -pbc mol -ur compact -center 2. trjconv -s topol.tpr -f noPBC.xtc -o fit.xtc -fit rot+trans 處理文件。 出現幾個問題，像大神求助。 （我的體系是乙醇中加入NA離子，想計算乙醇周圍的NA離子分布） 問題1. 在做 make_ndx 命令時，如何選擇組（即如何選擇出眾多乙醇中的一個） 見圖片1 問題2. 在做上述兩步trjconv時候，如何選擇組呢。見 圖片2 1.png 2.png |
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jianchuanliu
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