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[求助]
若兩同源基因僅有一個堿基不同，有相關的分子標記技術將其區(qū)分開么？ 已有3人參與
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水稻兩系不育系和恢復系中一段關鍵基因，僅其中一個堿基突變，在該位點形成終止密碼子而不能表達，構成不育性狀�，F(xiàn)師兄想讓我通過設計分子標記來區(qū)分不育系和恢復系，請問有可能么？應該怎么做？ |
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 植物病原細菌學 | 核酸方面 |
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3樓2015-07-06 17:00:06
【答案】應助回帖
★ ★
西門吹雪170: 金幣+2, 鼓勵回帖交流 2015-07-12 23:18:09
西門吹雪170: 金幣+2, 鼓勵回帖交流 2015-07-12 23:18:09
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不管是不是碰運氣，先要用軟件分析下單堿基變化是否有酶切位點的變化，這步分析很簡單，如果有，那就在該位點兩側(cè)設計一對引物，分別做PCR，然后用相應的酶對PCR產(chǎn)物做酶切，電泳，根據(jù)電泳結(jié)果很容易區(qū)分出兩種基因型。如果分析沒有酶切位點變化，那再考慮dCAPS法或SSCP法。 關于dCAPS的使用，在網(wǎng)站上有介紹，先自己看看。網(wǎng)址：http://helix.wustl.edu/dcaps/dcaps.html，打開后，頁面上有個鏈接Instructions for how to use dCAPS Finder，打開后就是關于這個的說明：How to use the dCAPS Finder 2.0 program: Type or paste the two haplotypes, with no gaps in the sequence, into the boxes provided. The two sequences must be identical except for the SNP. The SNP should be in the middle of the sequence with approximately 25 nucleotides on each side. No more than 60 nucleotides should be entered in either box. A,C, G and T are the only valid characters that will be accepted by the program. In the box provided, enter the number of mismatches allowed in your PCR primer and run the program. The output from zero mismatches will show whether a CAPS marker is present. If a CAPS marker is not generated, enter 1 mismatch to search for a dCAPS marker. Increase the number of mismatches in each run until a potential dCAPS marker has been identified. The dCAPS primer should include the necessary mismatches 5` of the mutation and not include the SNP being analyzed. The reverse primer should be approximately 200 to 300 nucleotides 3` of the dCAPS primer such that the two haplotypes can be resolved, after digestion with the appropriate restriction endonuclease, on a high-resolution agarose or DNA-agar gel. 關于SSCP法，網(wǎng)上有很多介紹，原理很簡單，就是做PCR，然后在聚丙烯酰胺膠上跑電泳，這種膠即使PCR產(chǎn)物有一個堿基差異，也能跑出差異。 |
8樓2015-07-07 00:40:37
游俠892
鐵桿木蟲 (著名寫手)
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9樓2015-07-07 14:43:01
17樓2015-07-12 17:05:24
liuderong
鐵桿木蟲 (正式寫手)
- 應助: 310 (大學生)
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- 注冊: 2012-07-07
- 性別: GG
- 專業(yè): 生物化學
2樓2015-07-06 11:38:39
4樓2015-07-06 17:03:47
5樓2015-07-06 23:27:04
6樓2015-07-06 23:33:49
7樓2015-07-06 23:37:11
10樓2015-07-07 15:07:51
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