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請(qǐng)教DPD計(jì)算界面張力問(wèn)題
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| 請(qǐng)大家指教：在MS中用DPD模擬出結(jié)果后，得到的結(jié)果都是簡(jiǎn)化后的數(shù)據(jù)，例如結(jié)果中的溫度，壓力，表面張力這些數(shù)據(jù)該如何轉(zhuǎn)換成現(xiàn)實(shí)中的物理量呢？ |
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你要搞清楚是用哪個(gè)密度泛函理論（DFT）算表面張力。人們通常所說(shuō)的DFT是指量子化學(xué)里面的DFT，也就是把能量表示為電子密度的泛函，據(jù)我了解量子化學(xué)里的DFT很難用來(lái)計(jì)算表面張力。MS和高斯所算的DFT都是指這種DFT。 另外一種DFT是指液體理論里的DFT，基于統(tǒng)計(jì)力學(xué)原理，是把自由能表示為粒子密度函數(shù)的泛函，可以計(jì)算體系很多熱力學(xué)性質(zhì)，計(jì)算表面張力也是可行的。據(jù)我所了解很少有計(jì)算化學(xué)軟件包含了這種DFT的功能，很多課題組都有自己的代碼來(lái)進(jìn)行這方面的計(jì)算，你可以嘗試聯(lián)系相關(guān)課題組看別人是否愿意給代碼。 |
6樓2015-07-10 00:35:00
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你這人怎么老是做伸手黨啊？自己搜一下material studio surface tension就會(huì)有東西出來(lái)。比如這個(gè) http://accelrys.com/events/webin ... 20(NXPowerLite).pdf 參見(jiàn)第29張幻燈片。 或者參考這篇文獻(xiàn) http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/la702286h Method部分中的公式。 簡(jiǎn)而言之如果垂直于界面的方向定為z軸，需要計(jì)算的量就是壓力張量在xx, yy, zz 方向上的分量，然后表面張力 \gamma = (P_zz - 0.5*(P_xx + P_yy ) )*L_z L_z is the box length in z direction. 至于你怎么從MS的輸出中提取壓力張量在xx, yy, zz 方向上的分量請(qǐng)你自己研究吧，我沒(méi)用過(guò)MS，只能幫你到這里。 |
17樓2015-07-11 11:33:47
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2樓2015-07-09 10:57:56
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qyshang1989: 金幣+2 2015-07-10 12:55:55
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"自由能密度泛函理論應(yīng)該就是您說(shuō)的液體理論里的DFT吧？" 是。 我不清楚你到底想算什么，一會(huì)兒在MS里跑DPD，一會(huì)兒又想著DFT，一會(huì)兒又想用gromacs。 流體DFT不屬于分子模擬范疇，而是計(jì)算液體結(jié)構(gòu)的一種數(shù)值方法，所以gromacs這種分子模擬軟件是不包含流體DFT的相關(guān)計(jì)算的。網(wǎng)上有時(shí)看到的gromacs和DFT結(jié)合是指gromacs和量化計(jì)算中的DFT結(jié)合進(jìn)行QM/MM計(jì)算。 看你之前的帖子，你似乎是用MS做了個(gè)DPD模擬，想求表面張力，那你就應(yīng)該盡量想辦法從你現(xiàn)有的MS的輸出文件中求出表面張力，如果像樓上所說(shuō)只是單位轉(zhuǎn)換的話(huà)，那難度很小。 另外使用別人的DFT代碼或者使用gromacs重新模擬計(jì)算表面張力都需要額外的時(shí)間去學(xué)習(xí)，你要考慮你是否有這么多時(shí)間。如果你花了很長(zhǎng)時(shí)間去學(xué)習(xí)另外一個(gè)軟件最后得到的效果和你處理MS數(shù)據(jù)得到的效果是一樣的，那只能說(shuō)是得不償失。 |
10樓2015-07-10 10:57:39
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4樓2015-07-09 19:12:45
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5樓2015-07-09 20:47:59
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7樓2015-07-10 06:45:45
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8樓2015-07-10 08:23:52
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9樓2015-07-10 09:31:29
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