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趙奇一

新蟲(chóng) (小有名氣)

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[求助] QE新手編輯的輸入文件在運(yùn)行中報(bào)錯(cuò)，希望能給予解答，謝謝... 已有1人參與

通過(guò)查看其他朋友的內(nèi)容，我嘗試編輯了一個(gè)輸入文件，如下：
&control
calculation='scf'
restart_mode='from_scratch',
pseudo_dir = './',
outdir='./'
prefix='mos2'
tstress = .true.
tprnfor = .true.
/
&system
ibrav = 14, celldm(1) =9.498009, celldm(2) =1.0, celldm(3) =1.9383, celldm(4) =0.0, celldm(5) =0.0, celldm(6) =-0.5, nat= 27, ntyp= 2,
ecutwfc = 25.0, ecutrho = 300.0
occupations='smearing', smearing='gaussian', degauss=0.02
/
&electrons
diagonalization='david'
conv_thr = 1.0e-8
mixing_beta = 0.7
/
ATOMIC_SPECIES
Mo 95.94 Mo.pbe-sp-hgh.UPF
Mo 95.94 Mo.pbe-sp-hgh.UPF
Mo 95.94 Mo.pbe-sp-hgh.UPF
Mo 95.94 Mo.pbe-sp-hgh.UPF
Mo 95.94 Mo.pbe-sp-hgh.UPF
Mo 95.94 Mo.pbe-sp-hgh.UPF
Mo 95.94 Mo.pbe-sp-hgh.UPF
Mo 95.94 Mo.pbe-sp-hgh.UPF
Mo 95.94 Mo.pbe-sp-hgh.UPF
S  32.0  S.blyp-hgh.UPF
S  32.0  S.blyp-hgh.UPF
S  32.0  S.blyp-hgh.UPF
S  32.0  S.blyp-hgh.UPF
S  32.0  S.blyp-hgh.UPF
S  32.0  S.blyp-hgh.UPF
S  32.0  S.blyp-hgh.UPF
S  32.0  S.blyp-hgh.UPF
S  32.0  S.blyp-hgh.UPF
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S  32.0  S.blyp-hgh.UPF
S  32.0  S.blyp-hgh.UPF
S  32.0  S.blyp-hgh.UPF
ATOMIC_POSITIONS
Mo 0.2222222222222225 0.1111111111111112 0.3333333333333334
Mo 0.5555555555555558 0.1111111111111112 0.3333333333333334
Mo 0.8888888888888892 0.1111111111111111 0.3333333333333334
Mo 0.2222222222222225 0.4444444444444446 0.3333333333333334
Mo 0.5555555555555558 0.4444444444444445 0.3333333333333334
Mo 0.8888888888888892 0.4444444444444445 0.3333333333333334
Mo 0.2222222222222225 0.7777777777777779 0.3333333333333334
Mo 0.5555555555555558 0.7777777777777780 0.3333333333333334
Mo 0.8888888888888892 0.7777777777777779 0.3333333333333334
  S 0.0000000000000003 0.0000000000000002 0.2477001629549158
  S 0.0000000000000003 0.0000000000000002 0.4199000543183055
  S 0.3333333333333336 0.0000000000000002 0.2477001629549158
  S 0.3333333333333336 0.0000000000000002 0.4199000543183055
  S 0.6666666666666669 0.0000000000000001 0.2477001629549158
  S 0.6666666666666669 0.0000000000000001 0.4199000543183055
  S 0.0000000000000003 0.3333333333333335 0.2477001629549158
  S 0.0000000000000003 0.3333333333333335 0.4199000543183055
  S 0.3333333333333336 0.3333333333333335 0.2477001629549158
  S 0.3333333333333336 0.3333333333333335 0.4199000543183055
  S 0.6666666666666669 0.3333333333333334 0.2477001629549158
  S 0.6666666666666669 0.3333333333333334 0.4199000543183055
  S 0.0000000000000003 0.6666666666666669 0.2477001629549158
  S 0.0000000000000003 0.6666666666666669 0.4199000543183055
  S 0.3333333333333336 0.6666666666666669 0.2477001629549158
  S 0.3333333333333336 0.6666666666666669 0.4199000543183055
  S 0.6666666666666669 0.6666666666666669 0.2477001629549158
  S 0.6666666666666669 0.6666666666666669 0.4199000543183055
K_POINTS (automatic)
8 8 8 0 0 0
運(yùn)行不順利，輸出文件如下
Program PWSCF v.5.1.2 starts on  9Jul2015 at 11:51:38

   This program is part of the open-source Quantum ESPRESSO suite
   for quantum simulation of materials; please cite
      "P. Giannozzi et al., J. Phys.:Condens. Matter 21 395502 (2009);
      URL http://www.quantum-espresso.org",
   in publications or presentations arising from this work. More details at
   http://www.quantum-espresso.org/quote

   Serial version
   Waiting for input...
   Reading input from standard input

%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
   Error in routine  card_atomic_species (2):
   two occurrences of the same atomic label
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%

   stopping ...
應(yīng)該怎么修改，請(qǐng)教各位大神

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天使可以飛起來(lái)是因?yàn)樗麄儼炎约嚎吹煤茌p

1樓 2015-07-09 12:03:04

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【答案】應(yīng)助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
趙奇一: 金幣+20, ★★★很有幫助 2015-07-09 18:35:39

ATOMIC_SPECIES 里面是一種原子一行。

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2樓2015-07-09 13:19:49

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引用回帖:

2樓: Originally posted by KalaShayminS at 2015-07-09 13:19:49
ATOMIC_SPECIES 里面是一種原子一行。

抱歉啊，我按您說(shuō)的將輸入文件相應(yīng)的部分改為：
ATOMIC_SPECIES
Mo 95.94 Mo.pbe-sp-hgh.UPF
S 32.0 S.blyp-hgh.UPF
之后，輸出文件結(jié)果還是不行，顯示如下：
Program PWSCF v.5.1.2 starts on 9Jul2015 at 15: 6:53

 This program is part of the open-source Quantum ESPRESSO suite
 for quantum simulation of materials; please cite
 "P. Giannozzi et al., J. Phys.:Condens. Matter 21 395502 (2009);
 URL http://www.quantum-espresso.org",
 in publications or presentations arising from this work. More details at
 http://www.quantum-espresso.org/quote

 Serial version
 Waiting for input...
 Reading input from standard input
 Message from routine read_cards :
 DEPRECATED: no units specified in ATOMIC_POSITIONS card
 Message from routine read_cards :
 ATOMIC_POSITIONS: units set to alat

 Current dimensions of program PWSCF are:
 Max number of different atomic species (ntypx) = 10
 Max number of k-points (npk) = 40000
 Max angular momentum in pseudopotentials (lmaxx) = 3
同時(shí)，命令窗口顯示為：
zhaoqiyi@zhaoqiyi-HP-G42-Notebook-PC:~$ pw.x<Mos2.scf.in>Mos2.scf.out
########################################################################################################################
# FROM IOTK LIBRARY, VERSION 1.2.0
# UNRECOVERABLE ERROR (ierr=2)
# ERROR IN: iotk_getline (iotk_scan.f90:947)
# CVS Revision: 1.23
#
iostat=5001
# ERROR IN: iotk_scan_tag (iotk_scan.f90:593)
# CVS Revision: 1.23
# ERROR IN: iotk_scan (iotk_scan.f90:821)
# CVS Revision: 1.23
# ERROR IN: iotk_scan_end (iotk_scan.f90:241)
# CVS Revision: 1.23
# foundl
########################################################################################################################
zhaoqiyi@zhaoqiyi-HP-G42-Notebook-PC:~$
是不是我機(jī)子編譯器的問(wèn)題？

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3樓2015-07-09 15:12:46

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引用回帖:

3樓: Originally posted by 趙奇一 at 2015-07-09 15:12:46
抱歉啊，我按您說(shuō)的將輸入文件相應(yīng)的部分改為：
ATOMIC_SPECIES
Mo 95.94 Mo.pbe-sp-hgh.UPF
S 32.0 S.blyp-hgh.UPF
之后，輸出文件結(jié)果還是不行，顯示如下：
Program PWSCF v.5.1.2 starts on 9Jul2015 ...

這個(gè)看起來(lái)是贗勢(shì)文件有問(wèn)題。另外，你的兩個(gè)贗勢(shì)用的是不一樣的泛函，就算能算，計(jì)算結(jié)果也沒(méi)有意義。

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4樓2015-07-09 17:46:35

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引用回帖:

4樓: Originally posted by KalaShayminS at 2015-07-09 17:46:35
這個(gè)看起來(lái)是贗勢(shì)文件有問(wèn)題。另外，你的兩個(gè)贗勢(shì)用的是不一樣的泛函，就算能算，計(jì)算結(jié)果也沒(méi)有意義。...

謝謝你的幫助。我的贗勢(shì)文件是在官網(wǎng)上復(fù)制粘貼的...那我再試試。對(duì)了，我在進(jìn)行石墨烯的nscf計(jì)算時(shí)，總失敗，報(bào)錯(cuò)為：error in routine pw_readfile(1):error opening xml data file但是進(jìn)行Si的nscf計(jì)算時(shí)就不會(huì)出現(xiàn)這種情況，這個(gè)又該怎么解決╮(╯_╰)╭

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5樓2015-07-09 18:09:08

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引用回帖:

5樓: Originally posted by 趙奇一 at 2015-07-09 18:09:08
謝謝你的幫助。我的贗勢(shì)文件是在官網(wǎng)上復(fù)制粘貼的...那我再試試。對(duì)了，我在進(jìn)行石墨烯的nscf計(jì)算時(shí)，總失敗，報(bào)錯(cuò)為：error in routine pw_readfile(1):error opening xml data file但是進(jìn)行Si的nscf計(jì)算時(shí)就不會(huì) ...

贗勢(shì)有其特定的泛函，不同的不能混用。請(qǐng)先看看第一性原理計(jì)算的基本知識(shí)。
后面這個(gè)只能檢查寫(xiě)的輸入文件和scf產(chǎn)生的.save文件夾。

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6樓2015-07-09 18:16:34

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6樓: Originally posted by KalaShayminS at 2015-07-09 18:16:34
贗勢(shì)有其特定的泛函，不同的不能混用。請(qǐng)先看看第一性原理計(jì)算的基本知識(shí)。
后面這個(gè)只能檢查寫(xiě)的輸入文件和scf產(chǎn)生的.save文件夾。...

不好意思，關(guān)于贗勢(shì)的問(wèn)題已經(jīng)解決了。謝謝您

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7樓2015-07-09 18:35:18

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